Преподобный Арсений Комельский родился в Москве, происходил из дворянского рода Сахарусовых. В молодости он принял иноческий постриг в Троице-Сергиевом монастыре. Там он занимался книгописанием. Известно Евангелие, переписанное им в 1506 году. В 1525-1527 годах преподобный был игуменом Троице-Сергиева монастыря. Часто он удалялся в уединенную Махрищскую обитель. Великий князь Василий IV (1505-1533), посетивший в то время монастырь, был удивлен, увидев на игумене богатой обители ветхую одежду, покрытую заплатами. Братия объяснила, что преподобный Арсений желает удалиться в пустынь.

Отойдя вместе со своим келейным старцем в Комельские леса, расположенные в 50 верстах от Вологды, преподобный Арсений сделал большой деревянный крест и с этим крестом на плечах отправился через лес искать место будущей пустынной обители. Проходя болотистое место по трясине, преподобный споткнулся под тяжестью креста и упал. Небесный луч, озаривший в ту же минуту подвижника, заставил его остановиться на этом месте. Он водрузил крест и поставил первую келлию.

Местные жители, приходившие сюда для звериной ловли, убили келейника преподобного Арсения, а его самого вынудили удалиться в Шилегонский лес. Вскоре в его новую пустынь собралось несколько иноков, а затем в ней поселились бежавшие от татарского набега окрестные жители. Преподобный Арсений, ища безмолвия, пожелал жить в более глухом месте. В 1530 году великий князь Василий выдал ему грамоту на землю в Комельском лесу на реке Кохтыше. Со своим учеником Герасимом преподобный начал расчищать здесь лес. Молитвой святой приручал зверей. Когда к нему собралось несколько иноков, он поставил храм в честь Положения ризы Пресвятой Богородицы. Посещая Шилегонскую пустынь, преподобный поучал крестьян, которые поселились в окрестностях монастыря. Он заповедовал им свято чтить праздники и воскресные дни. Когда однажды крестьяне ослушались его и стали работать в праздник, внезапно поднявшийся ветер разметал все снопы.

Проведя жизнь в посте, молитве и постоянном труде, преподобный скончался 24 августа 1550 года. Его житие было написано вскоре после смерти, но сгорело во время пожара в Комельском монастыре в 1596 году. В кратком виде оно было восстановлено по сохранившимся записям и дополнено посмертными чудесами иноком той же обители Иоанном. Спустя сто лет после кончины преподобного игумен Иоасаф построил в монастыре каменный храм в честь Положения ризы Пресвятой Богородицы. Два придела этого храма явили духовные связи учителя и ученика. Левый придел был посвящен Преподобному Сергию Радонежскому, а правый - преподобному Арсению Комельскому.