С юных лет преподобный Анатолий стремился к духовной жизни, но мать не отпускала его в монастырь, и только после ее смерти, 15 февраля 1885 года, когда ему было уже тридцать лет, пришел в Оптину пустынь калужский приказчик Александр Потапов. Вскоре брата Александра благословили быть келейником у преподобного старца Амвросия. Уже в эту пору открылся у преподобного Анатолия дар любви, сострадания, прозорливости.

Приняв монашеский постриг 3 июня 1895 года, он постепенно входил в старческий труд и после кончины старцев преподобного Иосифа и преподобного Варсонофия вместе с преподобным Нектарием стал продолжателем старческого духовного делания. Старцы не отвергают никого, но так уж сложилось, что к преподобному Нектарию стремились монашествующие и интеллигенция, а к преподобному Анатолию шел простой люд со своими хлопотами и жалобами, скорбями и болезнями.

Всегда смиренный и никогда не унывающий — в народе его ласково называли «утешителем», а еще — «вторым Серафимом». И действительно, та же любовь, радостный и светлый лик, всего несколько мудрых слов, простой подарок... А главное — совершенно особая атмосфера, царившая вокруг старца, оказавшись в которой, человек чувствовал себя как бы «побывавшим под благодатным золотым дождем».

На благословение к старцу, на соборование, на исповедь всегда стекалось множество людей. Из братского корпуса старцу Анатолию пришлось перейти в притвор Владимирского храма. И часто приходилось видеть такую картину: в монастыре полное затишье, не видно даже монахов, а Владимирская церковь открыта и полна народу. Батюшка принимал всех без ограничения времени, несмотря на бесконечную усталость, на мучительную боль от ущемления грыжи, боли в кровоточивших ногах. Одно время он вообще не ложился спать, позволяя себе вздремнуть лишь на утрени, во время чтения кафизм. Преподобный был всегда приветливым, постоянно ласковым, сердечным, готовым всегда отдать себя тому, кто приходил к нему с той или иной нуждой или скорбью.

Однажды пришел к преподобному попавший в затруднительное положение крестьянин, оставшийся с семьей без крыши над головой, имея за душой лишь 50 рублей денег. Ему неоткуда было получить помощь. От горя он впал в отчаяние, по-деревенски закручинился и первым делом решил пропить эти деньги, оставить жену с ребятишками, а самому идти в Москву в работники. Но недаром говорят: утро вечера мудренее. Наутро первая мысль в голову: «Сходи к старцу Анатолию», да и только. И пошел. Подходит под благословение, старец благословляет, как будто в лоб два раза ударяет, и кладет благословение медленно, чинно, а крестьянин и говорит: «Погибаю я, батюшка, хоть совсем умирай». — «Что так?» — «Да вот, так и так...» — и все рассказал крестьянин старцу. Старец Анатолий еще раз благословил его и сказал: «Не падай духом, через три недели в свой дом войдешь». Так оно и случилось, помог ему Господь и дом построить, и другим человеком стать.

Преподобный Анатолий любил Россию, русский народ и предсказывал: «Будет шторм. И русский корабль будет разбит. Но ведь и на щепках и на обломках люди спасаются. Не все погибнут... А потом будет явлено великое чудо Божие, и все щепки и обломки соберутся и соединятся, и снова явится великий корабль во всей своей красе! И пойдет он путем, Богом предназначенным!»

Но сначала Оптиной и ее последним старцам предстояло вместе с Россией взойти на свою Голгофу. Преподобный Анатолий писал одному из духовных чад, готовя к предстоящему: «Бойся Господа, сын мой, бойся потерять уготованный тебе венец, стой в вере и, если нужно, терпи изгнание и другие скорби, ибо с тобой будет Господь».

После закрытия Оптиной пришли с обыском и к преподобному Анатолию, вытащили из келии то немногое, что он не успел еще раздать чадам. За обыском последовал арест. Больного старца повезли в тюрьму, но по дороге его состояние ухудшилось, и он оказался в больнице, где ему, как тифозному, тут же остригли волосы и бороду. Когда же выяснилось, что его по ошибке приняли за тифозного больного, врач отпустил его. Вернулся он обитель измученный, еле живой, но со светлой улыбкой благодарением Господу на устах.

29 июля 1922 года в монастырь нагрянула комиссия ГПУ. Начались допросы. Готовились к аресту умирающего старца. Он не противился, только попросил себе отсрочки на сутки, чтобы приготовиться. Келейнику отцу Варнаве грубо приказали к завтрашнему утру приготовить старца к отъезду. Воцарилась тишина, старец стал готовиться в путь.

Ночью ему стало худо. Позвали доктора, но тот не нашел ничего, угрожающего жизни. Под утро келейник нашел старца стоящим на коленях. Войдя в келию через несколько минут, отец Варнава понял, что старец Анатолий тихо отошел ко Господу.

Наутро приехала комиссия. Вышли из машины: «Старец готов?» — «Да, готов», — ответил отец Варнава. И впустил их в келию. Там, на столе, в гробу лежал «приготовившийся» почивший старец. Господь принял готового Своего раба в ночь на 30 июля/12 августа 1922 года. «Честна пред Господем смерть преподобных Его» (Пс. 115, 6).

Его погребли возле могилки преподобного Амвросия, на том самом месте, где он долго стоял за две недели до смерти, повторял: «А тут ведь вполне можно положить еще одного. Как раз место для одной могилки. Да, да, как раз...»

«Положись на волю Господню, и Господь не посрамит тебя... Пред кончиною своею будешь благодарить Бога не за радости и счастье, а за горе и страдания, и чем больше их было в твоей жизни, тем легче будешь умирать, тем легче будет душа твоя возноситься к Богу» — так учил своих чад преподобный Анатолий и жизнью своей, и блаженной кончиной.