Cвятой Пафнутий юные годы свои провел в монастыре, а затем служил епископом города Таиса в Верхней Фиваиде.

В 311 году Император Максимиан за исповедание Православной веры лишил святого Пафнутия правого глаза и, подрезав левое колено, заклеймил железом.

В 325 году преподобный участвовал в Первом Вселенском Соборе. Опровергал арианство и, вместе со Святыми Отцами Собора, осудил ересиарха Ария на заточение.

Сам будучи девственником, высказался против предписания Собора, воспрещающего жить брачной жизнью всем духовным лицам, начиная от иподиакона и далее, сказав, что не нужно налагать на клириков и священников этого тяжелого ярма, ибо брак честен и брачное ложе нескверно, а чрезмерная строгость может причинить Церкви более вреда. Следовательно, достаточно, чтобы сообразно древнему преданию Церкви не разрешать жениться тем, которые уже вступили в клир, но ни под каким видом не требовать, чтобы клирик отделился от той, которую взял себе в жены еще прежде, как мирянин.

Собор принял и одобрил это заявление епископа Пафнутия, предоставив впредь воле каждого клирика быть безбрачным или жить брачною жизнью.

Император Константин держал его в таком почете и любви, что часто, приглашая его во дворец, обнимал и целовал его выколотое око.

По свидетельству церковного писателя Руфина, такая в святом была сила добродетелей, что он и демонов изгонял единственно словом своим, больных излечивал одной лишь молитвой, у незрячих восстанавливал зрение и возвращал парализованным телесную крепость.

Скончался святой в IV веке.

Святитель Димитрий Ростовский пишет в примечании к житию преподобного Онуфрия Великого: «Память сего Пафнутия в римских Месяцесловах полагается в 11 день месяца сентября; в Русских Месяцесловах, равно и в Прологах, о нем нигде не вспоминается». Святитель Николай Сербский включил память исповедника Пафнутия в свой «Охридский Пролог» под 11 сентября. «Святым Пафнутием исповедником» называет его и преподобный Иосиф Волоцкий в своем «Просветителе» (Сл. 13).