В конце XV столетия между многочисленными подвижниками древней Валаамской обители подвизался инок Афанасий – ученик и сомолитвенник пустынножителя Александра, работавшего Господу в тесной пещере одного из Валаамских островов. Душеспасительные советы и примеры высоких добродетелей Александра укрепляли Афанасия на трудном пути спасения. С течением же времени, по неисповедимым судьбам Божиим, наставник и ученик должны были разлучиться. Преподобный Александр удалился в леса Обонежской пятины на реку Свирь и семь лет провел там в строжайшем уединении, а потом приступил к устроению общежития, тогда и преподобный Афанасий переселился с Валаама опять под его руководство.
Смиренномудрие и послушание сделали Афанасия любимейшим учеником преподобного игумена, и он сподобился быть свидетелем благодатного посещения его учителя Пресвятой Девой Богородицей.
По преставлении преподобного Александра (1533 г.), преподобный Афанасий отошел на пустынножитие в дремучие леса Карелии и на холме перешейка двух небольших озер Сяндема и Рощинского поставил себе хижину. Некоторые из сподвижников преподобного Александра последовали за Афанасием в уединение, а к ним присоединилось еще несколько любителей пустынного жития. Таким образом было положено начало процветавшей впоследствии Сяндемской пустыни.
Сам преподобный Афанасий рассказывал о своем поселении в пустыни так. Жил он в Обонежской пятине, в Олонецком уезде, на Сяндеме озере, в пустыне на Софийской земле, в диком лесу от Олонца 20 верст, а от ближних деревень 10 верст; ту пустыню позволили ему строить олончане на богомолье о государе и на прибежище себе. По благословению архиепископа Пимена он поставил в пустыне часовню во имя Живоначальной Троицы да восемь келлий. И собралось к нему в пустыню десять братий; он распахал пашню. Но по зависти те олончане оболгали его перед архиепископом Пименом, будто он построил свою пустыньку насильственно, и выслали его из пустыньки. Пустынька осталась пустою.
Преподобный удалился в Свирский монастырь и избран был там в игумена. Вероятно, в это время он и получил сан священства, по крайней мере, в 1577 г. называется священноиноком. Долго ли управлял преподобный Афанасий обителью своего наставника, остается неизвестным, только в 1577 г. он называется уже бывшим игуменом Свирского монастыря и просит у Новгородского архиепископа Александра позволения на месте пустыни устроить монастырь с храмом во имя Живоначальной Троицы и отвести земли под пашню. Такое дозволение было дано; отведена монастырю и пашня по одной версте во все четыре стороны. Монастырь был освобожден от пошлин в пользу Новгородской Софийской казны. Преподобный служил примером братии в трудолюбии и терпении, и вся братия трудами рук своих добывали себе пропитание.
Основатель обители был и наставником нового братства. Для собственного же научения имел он частые духовные беседы с преподобным Адрианом Андрусовским, валаамским схимонахом, основавшим около того же времени иноческую обитель на берегу Ладожского озера. Подвижники жили верстах в 20-ти один от другого. Памятниками этого духовного общения остались кресты, водруженные угодниками Божиими на пути через все пространство, отделявшее их друг от друга. Предание говорит, что и на том месте, где теперь церковь во имя чудотворца Николая в селении Тулокса, преподобным Афанасием был поставлен крест и предсказано создание храма на служение Господу. Пророчество исполнилось, церковь святителя Николая, почти современная основателю Сяндемской пустыни, существует и поныне. При устье реки Сяндемки (текущей на девять верст из Сяндемского озера в речку Тулоксу) находятся на обоих ее берегах два каменные креста. По свидетельству предания, они сопутствовали преподобному Афанасию с Валаама и суть благословение тамошних старцев основателю Сяндемской пустыни. У окрестных жителей сохранились рассказы, что эти кресты чудесно приплыли за преподобным против речного течения со стороны Ладожского озера.
По древнему же сказанию, угодник Божий Афанасий последние годы святой жизни своей провел в уединении на одном из островов озера Сяндема, который называется и доселе Святым.
Преподобный Афанасий преставился в своей пустыни и погребен на одном из мысов Рощинского озера, где потом над могилой его сооружена церковь во имя святителя Кирилла и Афанасия, патриархов Александрийских.
Нашествие Литвы и шведов в начале XVII века истребило все письменных свидетельства о времени и трудах первоначальника пустыни. До этого несчастного события обитель процветала: храмы Божии удивляли своим благолепием, хозяйство изобиловало всеми угодьями. При нашествии врагов старцы, чтобы спасти некоторые церковные предметы и колокола, опустили все в озеро, на топком дне которого они навсегда и остались.
В начале XVIII столетия Божиим попущением Сяндемская пустынь сгорела дотла, и, как видно из надписи закладного креста, в 1720 году церковь святителей Кирилла и Афанасия выстроена вновь.
Местность Сяндема очень живописна. Обитель расположена почти в средоточии кругообразной поляны, имеющей в поперечнике до 400 сажень; окружность ее составляет густой хвойный лес, а два озера разливаются по северной и южной сторонам и заливами своими образуют множество восхитительных видов. На возвышенном перешейке этих озер стоит деревянным храм Успения Божией Матери, воздвигнутый попечителем Андрусовой пустыни валаамским игуменом Иннокентием.
В это время были обретены честные мощи преподобного Афанасия. После пожара при копании рва под фундамент нынешней церкви обрели святое тело его нетленным, причем даже четки и хартия с разрешительной молитвой в руках угодника Божия были совершенно целы. Несколько суток святые мощи оставались на земной поверхности и потом 2 мая погребены в прежней могиле. Над мощами внутри храма воздвигнута рака красного дерева с образом преподобного; у южных дверей есть также его икона во весь рост, а за левым клиросом изображено посещение Пресвятой Богородицы, которого преподобный Афанасий сподобился вместе с преподобным учителем своим.