Будущий святитель Петр (Могила) родился 21 декабря 1596 года в Сучаве, третьим сыном в благочестивом семействе высокородных молдавских бояр Могила (в современной румынской транскрипции – Мовилэ), которые в то время занимали господарские престолы Дунайских княжеств. В Крещении был наречен в честь святителя Петра Московского, так как родился в день его памяти. Его отец Симеон Могила был в 1600–1602 годах господарем Валахии, а с 1606 года до своей кончины в 1607 году – господарем Молдавии. В 1612 году Могилам, после поражения их Кантемиром Мурзою, занявшим господарство, пришлось бежать в Польшу, где у них были сильные и богатые родственники.
Образование получил во Львовском братском училище в строго православном духе, враждебном унии. Продолжил свое образование путешествием за границу, где слушал лекции в разных университетах – в частности, выслушал курс словесных наук и богословия в Парижском университете.
Служил в польских войсках и отличился в битве под Хотином. Однако, вероятно, под влиянием Киевского митрополита Иова (Борецкого), решил оставить военную службу и принять духовный сан. Около 1624 года он поступил в Киево-Печерскую Лавру чтобы разделить судьбу гонимых польской властью православных иноков. В то время здесь собралось немало высокообразованных и деятельных монахов, шел перевод святоотеческих книг, составление и публикация трудов в защиту православия. В такой среде он довершил свое образование.
С благословения митрополита Иова и архимандрита Лавры Захарии (Копыстенского), на свои средства отправил за границу несколько способных молодых людей для усовершенствования в науках.
В 1627 году, по кончине архимандрита Захарии, по настоянию ученых монахов был избран архимандритом Лавры. Его попечением была обновлена церковь Успения Божией Матери, украшены святые пещеры, возвращен под управление Лавры древний Пустынно-Николаевский монастырь, основана Голосеевская пустынь, на его счет устроена богадельня.
Под его руководством состоялось в 1628 году осуждение «Апологии» Мелетия (Смотрицкого).
Будучи номинально подчинён напрямую Константинопольскому патриарху как ставропигиальный «великий архимандрит», был неподвластен Киевскому митрополиту. Петр был близок с митрополитом Иовом (Борецким) – последний, умирая, оставил Петру свою библиотеку и назначил его душеприказчиком. Но с его преемником, митрополитом Исаией (Копинским), у Петра сложились менее доверительные отношения – по мнению некоторых историков, враждебные. Этим противостоянием, возможно, было обусловлено то, что Петр взялся за основание нового православного просветительского центра в Киеве, невзирая на уже существующее Киевское братское училище.
Архимандрит Петр много сил положил и на основание нового высшего духовного училища при Лавре – первого в своем роде в восточнославянских землях. По возвращении посланных за границу юношей он поставил их учителями, а также взял ученых из Львовского братства. Организовал в Лавре первое общежитие для бедных учеников, дав для содержания училища несколько деревень из своего имения и Лаврских волостей. Новое училище «для преподавания свободных наук на греческом, славянском и латинском языках» открылось в 1631 году. Вскоре, когда киевские братчики признали его блюстителем и опекуном своей школы и подчинили ее исключительно власти Константинопольского патриарха, Петр соединил свою Лаврскую школу с братской. Это дело благословили патриарх Константинопольский Кирилл (Лукарь), митрополит Киевский Исаия (Копинский-Борисович), письменно одобрили православные епископы и знатнейшее духовенство и Лаврское братство.
К тому времени польский престолонаследник королевич Владислав показал себя готовым дать православным право легального существования, выработав соответственный законопроект в комиссии сейма. Архимандрит Петр, находившийся тогда в Варшаве, писал оттуда ко всем русским, чтоб они не соглашались на принятие изложенных в проекте условий, и убеждал их воспользоваться выборным сеймом для достижения полного удовлетворения требований. Когда пришёл сейм, на котором Владислав был 8 ноября 1632 года избран королём, были приняты новые условия узаконения православия, по которым в первый раз после заключения Брестской унии в Речи Посполитой было на государственном уровне торжественно признано существование православной Киевской митрополии и четырех епархий. Одним из условий легализации Православной Церкви было отрешение многих прежде избранных епископов и выбор новых. Тогда же на сейме митрополит Исаия был объявлен лишенным сана и православные делегаты избрали новым митрополитом Петра (Могилу), с сохранением за ним Лаврского архимандритства. Это было сделано в условиях новой войны с Московским государством, в которой Владислав нуждался в поддержке православного русского населения Речи Посполитой, а прежняя православная иерархия, перенесшая тяготы гонений против православия в Речи Посполитой, склонялась на сторону Русской Православной Церкви и Москвы. Кроме того, архимандрит Петр поставил на вид православным делегатам сейма то что борьба с униатами теперь только разгорается, а дряхлый митрополит Исаия не сможет вести ее достаточно энергично.
Тут же на сейме, уже как избранный митрополит, Петр начал ходатайствовать о преобразовании устроенной им Братско-Богоявленской школы в академию. Римо-католическое и униатское духовенство, а также некоторые из знатнейших членов сейма решительно воспротивились этому. Но король не решился восстанавливать против себя православных и по неотступному ходатайству Петра дал ему привилегию, где вместо академии училище было названо коллегией с пространным курсом богословия и философии.
Смещение митрополита Исаии было узаконено церковно тем, что Константинопольский патриарх Кирилл (Лукарь) прислал избранному владыке Петру архипастырское благословение на митрополию. Однако среди православных оставались и сторонники удалённого митрополита Исаии, которые винили Петра в личном честолюбии. Поэтому Петр устроил свою хиротонию не в Киеве, а во Львове. Здесь на Фоминой неделе 28 апреля 1633 года он был хиротонисан во епископа с возведением в сан митрополита Киевского и Галицкого, а прежний митрополит Исаия был «деградован». Рукоположение возглавил Львовский епископ, пользуясь полномочиями экзарха Константинопольского патриарха. Затем новопоставленный митрополит отправился в Киев, где его при въезде встретили двумя известными панегириками – от Лаврской братии и братской школы. По въезде в Киев ему пришлось запрещать и низлагать священников, стоявших за Исаию, а самого бывшего митрополита насильно перевезти в Лавру.
По вступлении на митрополичий престол приступил к устроению Киевской коллегии, которая неизменно пользовалась его особым вниманием и получила в его честь название Могилянской. Она была вполне устроена и обеспечена, хотя и претерпевала притеснения киевского воеводы. Киево-Могилянская коллегия стала первым высшим учебным заведением на восточнославянских землях. Чтобы противостать современной римо-католической учености на том же уровне, митрополит Петр позаимствовал весь строй новой школы с латино-польских образцов, которые таким образом привил в южнорусской православной среде. Впоследствии митрополит завел еще и низшее училище в Виннице.
Вернул и восстановил ряд древних киевских святынь. Он возвратил захваченные ранее униатами Софийский собор и Выдубицкий монастырь. Восстановил и устроил храм Спаса на Берестове и храм Трех святителей – последний отдал Братскому мастырю. В 1635 году были отрыты и очищены от развалин остатки Десятинной церкви, под развалинами которой обрели мощи равноапостольного князя Владимира. Близ руин митрополит Петр в том же году посадил липу. Средства для восстановления церквей и монастырей поступали из Лавры, из личного имущества митрополита, из пожертвований благочестивых людей, из пожалований Московского царя.
Большое внимание обращал на издание церковных книг, причем требовал, чтобы никакие книги не печатались без сличения их с греческими подлинниками. Были значительно пересмотрены, пополнены и изданы Служебник, Цветная Триодь и Требник с важными наставлениями для священнослужителей. Божественные службы при митрополите стали совершаться особо торжественно и благолепно. Митрополит Петр деятельно вводил и восстанавливал в славянской среде греческие молитвы и чинопоследования. В его Требнике, например, введена молитва святителя Софрония Иерусалимского на Великое водоосвящение, в его Постной Триоди впервые в славянском мире появился полный Синодик в Неделю православия – один из самых значительных вероучительных документов Православной Церкви. Однако в то же время были введены под римо-католическим влиянием ряд новых для Православной Церкви чинопоследований, наиболее примечательные из которых – великопостные пассии в воспоминание о Страстях Христовых и отчитка, введенная в Требник.
При владыке Петре была прославлена праведная Иулиания, княжна Ольшанская. Прилагал усилия к общецерковному прославлению Печерских святых, при нём был составлен Патерик Печерский.
Среди многочисленных богословских трудов митрополита Петра особое место заняла защита православных от обвинений в протестантизме и выражение верного учения в катехизической форме. Появление в 1629 году кальвинистского «Исповедания веры» под именем Константинопольского патриарха Кирилла (Лукаря) вызвало смущение в православной среде, обострило полемику римо-католиков против православия и побудило митрополита Петра к ответу. Особым поводом стало обличение сочинения отступника от православия Кассиана Саковича, который обвинял православие в усвоении реформаторских мнений. В ответ на этот навет митрополит Петр принял деятельное участие в составлении обличительного сборника «Λίθος, или Камень», а также в подготовке вероисповедного трактата – т.н. «Исповедания Петра Могилы» (см. подробнее).
В 1640 году митрополит Петр собрал в Поместный Собор в Киеве, на котором было опровергнуто сочинение Саковича и принято, после некоторых правок, подготовленное православное исповедание веры. На Ясском Соборе в 1642 году это исповедание было далее скорректировано и направлено на перевод и проверку к восточным патриархам. В 1645 году митрополит опубликовал одну из редакций «Исповедания» в Киеве, после чего ряд новых изданий появились на разных языках и получили широкое хождение как важный вероучительный документ Православной Церкви.
Митрополит Петр вполне владел латинским и греческим. Жизнь вёл строго аскетическую. Благоговел перед Киево-Печерской Лаврой и считал ее местом особенного присутствия Божьего.
Перед смертью завещал Киевской коллегии свою библиотеку, приобретенную для нее недвижимую собственность и значительную сумму денег, а наставников ее обязал, чтобы они жили по его правилам и каждый четверг совершали о нем поминовение. Много завещал он Лавре и другим монастырям и церквам, воздвигнутым им из развалин. Скончался 31 декабря 1646 года, в ночь на 1647 год. Согласно завещанию, был погребен в склепе Успенской великой церкви Киево-Печерской Лавры, под левым клиросом в средней части храма.
Тело митрополита Петра почивало на месте погребения вплоть до Второй мировой войны. В ноябре 1941 года Великую Лаврскую церковь взорвали, причем взрывчатку заложили именно возле места погребения святителя. Гроб с останками оказался полностью уничтожен, сохранились лишь серебряные пластины с родовым гербом и эпитафией, которые в 1982 году были найдены при раскопках археологической экспедицией под руководством В. Харламова.