Преподобный Иринарх, приняв иноческое пострижение в Соловецкой обители, ревностно подражал добродетельной жизни преподобных Зосимы (память 17/30 апреля) и Савватия (память 27 сентября/10 октября, совместная память 8/21 августа). Высокие качества души сделали его известным царю, и «светильник» был поставлен «на подсвечнике» (Мф.5:15) – в 1614 году, по смерти игумена Антония, преподобный Иринарх был поставлен соловецким игуменом.
В то время Соловецкий монастырь имел большое значение в защите северной России от шведов и датчан. Преподобный Иринарх прилагал немало трудов по укреплению оборонной мощи обители. С восточной стороны монастыря была построена вторая каменная стена с двумя огромными башнями, с северной и южной сторон выкопаны глубокие рвы, обложенные затем камнем. Внутри обители на случай военных действий построили два корпуса для солдат. За счет монастыря были также сделаны новые укрепления в Сумском и Кемском острогах. Обитель содержала увеличенные гарнизоны этих острогов и свой собственный. Заботы преподобного Иринарха о защите отечества имели большое значение и еще при жизни святого подвижника принесли свои плоды. Так, в 1623 году датчане на военных кораблях появились у Карельского острова, но, увидев хорошо укрепленную крепость – Соловецкий монастырь, не рискнули начать военные действия и вернулись в свои воды.
Заботясь о внешней безопасности обители, преподобный много внимания уделял и внутреннему духовному ее укреплению. Сам смиренный и кроткий, постоянно погруженный в богомыслие, он ревновал о поддержании в иноках истинно монашеского духа. Царь Михаил Феодорович вполне сочувствовал благим стремлениям игумена и своей грамотой в 1621 году предписывал неослабное наблюдение за трезвенностью и безмолвием братии. «Как только придет к вам наша грамота, – писал царь, – вы, богомольцы наши, введете строгий надзор и не допускайте исполнять свою волю тем, которые захотят жить слабо, уклоняться к мирским делам или держать (хмельное) питье, выходить из монастыря и творить молвы; строго надзирайте, чтобы братия и послушники жили по правилам св. отцов, а не по своим похотям, и усердно ходили бы в церковь. Пусть новоначальные будут в полном послушании у вас, богомольцев наших, игумена и известных старцев, а по самоволию ничего не делали бы, безчиния в обитель не вносили бы».
Под духовным руководством преподобного Иринарха в Соловецком монастыре выросли многие достойные подвижники. По благословению игумена и при его покровительстве преподобный Елеазар (память 13/26 января), друг и сподвижник преподобного Иринарха, основал скит на Анзерском острове.
За два года до блаженной кончины преподобный Иринарх оставил управление обителью и усилил подвиг безмолвной молитвы. 17 июля 1628 года святой подвижник мирно отошел к Богу. Святые мощи преподобного Иринарха почивали под спудом в часовне его имени.
Посмертные явления преподобного Иринарха свидетельствовали о том, что он обрел благодать у Господа и сделался молитвенником за бедствующих и страждущих. Вот одно из них. Жители Сумского острога, промышляя в море на 15-ти судах, пристали у Анзерского острова на льдине, на которой, вытащив свои суда, легли спать. Оставленный ими сторож, задремав, вдруг услышал голос: «Зачем спишь? Вставайте и влеките суда свои дальше на лед». Проснувшись, он увидел перед собою высокого роста старца, который, назвав себя Соловецким Иринархом, стал невидим. Но сон одолевал сторожа. Опять явился ему старец и вскричал: «Вставайте, ваши суда повредит льдом». Между тем на море поднялась великая буря. Тогда сторож поспешил разбудить товарищей, которые едва успели оттащить свои суда дальше на лед; некоторые снасти были уже унесены волнами.