Вскоре после кончины святителя Господь явил суд над обидчиками владыки. Архимандрит Антоний (Платковский), до последней степени обесчещенный в Пекине иноверцем Лангом, который публично и жестоко избил его, в узах был провезен мимо Вознесенской обители в Петербург. Там ожидало несчастного лишение сана и заточение. Вице-губернатору Жолобову по приговору уголовного суда в Петербурге была отрублена голова. Оба эти события поразили промыслительностью всех, даже самых закоснелых в неверии.

Но если часть маловеров еще нуждалась во внешних убеждениях, верная паства хранила сердечное чаяние, что Господь не даст «преподобному своему видети истления». Через тридцать три года после кончины святителя во время ремонта Тихвинской церкви было обнаружено, что тело его, одеяние и даже бархат на гробе не тронуло тление, хотя само место погребения было сырым и затхлым.

Еще через два года настоятель Вознесенского монастыря архимандрит Синесий, будущий светильник Сибирской Церкви, прославленный Господом в 1984 году, в день храмового праздника Вознесения Господня стал свидетелем следующего чуда. За трапезой после Божественной литургии присутствовал губернатор немец Фрауендорф. О нетленных останках святителя он был достаточно наслышан и очень хотел посмотреть их. Сколько ни отклонял это желание иноверца присутствовавший на праздник епископ Софроний, также будущий угодник Божий, изменить решение губернатора не удалось. Владыка Софроний, преподобный Синесий и Фрауендорф подошли к могильному склепу святителя, но ... не смогли увидеть гроба — он был покрыт густым непроницаемым слоем снега. После отъезда губернатора даже следов снега не могли обнаружить.

Спустя семнадцать лет после этого чуда, после многочисленных заявлений частных лиц, переживших молитвенное заступничество святителя Иннокентия после молитвы у честных его останков, было еще одно удостоверение, что мощи святителя находятся под особым покровом Божиим.

11 июня 1783 года при сильном ветре загорелась Вознесенская обитель. Весь Иркутск от мала до велика прибежал на пожар, но погасить его не представлялось возможным. Пламя охватило все каменные строения обители и, конечно, деревянную Тихвинскую церковь, под которой почивали мощи святителя. Надежды на спасение нетленных мощей угодника Божия не оставалось никаких. Тогда горожане обратились к прибывшему на пожар преемнику владыки Софрония, преосвященному Михаилу (Миткевичу), с просьбой попытаться достать мощи из огня. «Ежели покойный Иннокентий угодил Богу, — ответил тот, — то ради его нетленных мощей Всемогущий Господь спасет и церковь.» В ту же минуту огонь потерял силу над осененной благодатью церковью. Милостью Божией она простояла до начала XX века среди каменных, вновь отстроенных стен и зданий монастыря, в непререкаемое свидетельство свершившегося над ней чуда. В летописи Иркутска свидетели пожара записали: «В неделю Всех Святых (11 июня) 1783 года, по полудни часу в четвертом, монастырь Вознесенский сгорел, а именно кельи все, три церкви — две каменные снаружи и внутри без остатку; при том два колокола разбились, а другие испортились. Велик страх был! К тому была превеликая погода. А святые образа и что было в церквах: книги, ризы и прочее, ограда вся и два кедра архиерейские сгорели без остатку. Осталась одна деревянная церковь Тихвинской Богородицы, где архиерей погребен».

Чудеса от мощей святителя множились. Вера в его заступничество перед Господом передавалась из рода в род. Многие служили панихиды у него на могиле и получали просимое! Слава о новом заступнике множилась среди православных. Угодник Божий не отвергал молитв почитателей ни в Туле, ни в Якутске, ни в Петербурге. Отовсюду епархиальному начальству слались письменные свидетельства о его заступничестве. В последних числах сентября 1800 года преосвященному Вениамину, епископу Иркутскому, пришло письмо за подписью 389 человек с изложением просьбы об открытии честных и нетленных мощей святителя для всенародного чествования. Последнее требование привело владыку Вениамина в некоторое недоумение, разрешение которому помогло секретное инспектирование Иркутского края. По высочайшему повелению здесь находились сенаторы Ржевский и Левашов, которые также направили владыке Вениамину письмо. «Как самовидцы, — писали сенаторы, — не только нетленности тела сего, как сами обонявшие благоухание, как личные свидетели повествований о его многоразличных чудес поставляем себе долгом иметь от Вашего преосвященства, десять лет управляющего епархиею, все сведения о нетленном чудотворце для доклада по нашей обязанности Государю Императору».

Преосвященный передал сенаторам письмо для государя и приложил к нему выписку о случаях чудотворений от мощей святителя, числом более ста. Государь потребовал от Синода рассмотрения дела, и уже по распоряжению Синода в Иркутск прибыл Казанский викарный архиерей Иустин. Владыка Иустин лично освидетельствовал мощи святителя, расспросил под присягой некоторых свидетелей чудотворений и вместе с епископом Вениамином 5 марта 1801 года докладывал Синоду. Доклад это содержал подробное описание освидетельствования мощей, проведенное для большей достоверности в присутствии светских лиц — губернатора Алексея Ивановича Толстого с чиновниками, городского головы купца Петра Авдеева со многими почетными гражданами. Все участники освидетельствования подтвердили действительную сохранность останков святителя. Гроб и облачение святителя были также в совершенном нетлении. Это более чем через семьдесят лет после погребения!

Донесение епископов Вениамина и Иустина ввело Святейший Синод в глубокую задумчивость. Спустя два года Синод направил владыке Вениамину запрос о том, не наблюдаются ли изменения в теле святителя Иннокентия и не было ли за это время достопамятных событий.

Преосвященный Вениамин отвечал, что перемен в состоянии мощей по-прежнему не наблюдается, всенародное почитание святейшего продолжается и ширится, что сам он, епископ Вениамин, «убежден совестью признавать ходатайство святого Иннокентия у милосердия Божия уважаемым». Но и это письмо не возымело действия. Синод безмолвствовал еще год. Наконец к первенствующему члену Синода митрополиту Амвросию и к обер-прокурору Голицыну было направлено представление от генерал-губернатора Сибири Селифонтова, в котором он, лично свидетельствуя нетленность мощей святителя, выразил свое и всей Сибири настояние об открытии нетленных мощей.

Дальше тянуть было невозможно, и в первый день декабря 1804 года Святейший Синод с Высочайшего соизволения объявил: тело первого епископа Иркутского Иннокентия огласить за совершенно святые мощи и с подобающим благоговением Иркутскому епископу Вениамину с прочим духовенством поставить в церкви Иркутского Вознесенского монастыря наверху, либо в другом достойном месте, с установлением празднования ему 26 ноября, на день памяти преставления сего святителя. Впредь отправлять всенощные бдения и молебные пения святителю и в церковные книги внести необходимые дополнения: «Ноября 26 числа память преставления Святителя Иннокентия, первого епископа Иркутского, Чудотворца».

Вожделенное известие об открытии мощей святителя Иннокентия в Иркутске было получено 19 января 1805 года. В ближайшее же воскресение, буквально через два дня, всенародно был отслужен благодарственный молебен Господу Богу. После этого началось приготовление к чрезвычайному торжеству.

2 февраля, на Сретение Господне, преосвященный Вениамин принял святые мощи из склепа, поставил их посреди Тихвинской церкви и отслужил перед ними Божественную литургию. Через неделю, 9 февраля, мощи святителя при величайшем стечении народа торжественно, с крестным ходом и преднесением чудотворной иконы Казанской Божией Матери, были перенесены из Тихвинской церкви в соборную Вознесенскую.

Здесь мощи почивали пятьдесят пять лет, до времени, пока не потребовалось разбирать Вознесенскую церковь из-за ветхости. Двенадцать лет пролежали они в Успенском храме Вознесенского монастыря и 15 октября 1872 года были возвращены под своды вновь отстроенного на старом месте благолепного храма Вознесения Господня.

В память о первом перенесении мощей святителя ежегодно в Иркутске совершался крестный ход с иконой Казанской Божией Матери. Так было вплоть до 1920 года, времени жесточайших гонений на христиан.

С зимы 1920 года начались аресты насельников Вознесенской обители. Был арестован и подвергнут пыткам настоятель монастыря епископ Иркутский Зосима (Сидоровский). 1 февраля в монастыре арестовали видных иерархов Сибири, приехавших на поклонение мощам святителя Иннокентия: епископа Барнаульского Гавриила (Воеводина, † 1938), епископа Петропавловск (Красноперова, † 1921), епископа Березовского Иринарха (Синеокова-Андреевского, † 1933).

В 1921 году власти совершили акт святотатства: мощи святителя Иннокентия были вскрыты для «медицинского освидетельствования». Новый настоятель монастыря, епископ Киренский Борис (Шипучин, † 1937), обращаясь к духовенству и прихожанам, писал: «Вчера, 11 января, мощи святителя Иннокентия были вскрыты. Облачение и одежда сняты, нетленное тело обнажено и оставлено в храме открытым. Церковь заперта. Богослужения прекращены. Монастырь охраняется красноармейцами». Позднее, под усиленной охраной, мощи были увезены в неизвестном направлении...

Осиротела иркутская паства. Вместе со всей Русской Православной Церковью рыдала она над своими грехами, смиренно принимая Божие попущение.

Долго мощи святителя почитались безвозвратно утерянными, но только Господь «не до конца прогневается, не век враждует». В 1990 году в одном из подсобных помещений ярославской церкви Николы Надеина были обнаружены неизвестные мощи. С помощью их идентификации на кафедре судебной медицины Ярославского мединститута была проведена экспертиза. Описание мощей, сделанное ярославскими медиками, полностью (!) совпало с данными акта, составленного в 1921 году в Иркутске. Мощи святителя Иннокентия, оставленные на семьдесят лет в сыром, не отапливаемом помещении, Господь хранил для явления нам чуда Своей милости.

И ныне, уповая на заступничество вновь явленного нам угодника Божия святителя Иннокентия, мы обращаемся к нему с молитвами.