Иеромонах Рафаил (Родион Иванович Шейченко) происходил родом с Украины и по специальности был ветеринарным фельдшером. В Оптину Пустынь он поступил послушником 25 августа 1917 года.
   Родион Иванович пришел в монастырь уже зрелым человеком, хотя, как он писал своей духовной дочери, «от дней детства, под кровом родителя своего, я всей пылкостью чистой юной души любил и жаждал святого иноческого жития. Оно было мечтой детства и усладой юности. И вот я стал у преддверия желаний моих… » Окончательное решение принять монашество пришло после трагического случая в его семье. На его глазах убили кого-то из близких, и он сам на салазках привез тело убитого домой. Видимо, это послужило последним толчком к тому, чтобы порвать с миром.

   В 1923 году Оптину закрыли, а монахов выселили. Большинство, в том числе и иеродиакон Рафаил, поселились в городе Козельске и старались служить, где только возможно. В 1928 году были арестованы все оставшиеся монахи Оптиной, среди них – и отец Рафаил.
   Святой провел в ссылках 21 год: первое время он отбывал срок под Москвой, в Дмитровском районе (Дмитлаг), затем 10 лет был на тяжелых работах на Баренцевом море, а потом трудился ветеринаром. Последний свой срок отец Рафаил отбывал на Соловках.
   Из лагеря Преподобноисповедник вышел в середине 1940-х годов инвалидом. Приехав в Козельск, он нашел там полную разруху. Действующего храма в городе не было. Он поехал в Москву к митрополиту Крутицкому и Коломенскому Николаю (Ярушевичу), который посвятил его в иеромонахи и благословил хлопотать об открытии храма.

   Отец Рафаил начал восстанавливать Благовещенский храм и был назначен его настоятелем. Но по ложному доносу старосты храма Батюшку снова арестовали и отправили в лагерь, где он отсидел еще 5 лет и 8 месяцев. Отец Рафаил, слабый и совершенно больной (ему уже было за 60 лет), сидел с уголовниками. Этот период жизни стал временем тяжелого физического и духовного труда для измученного годами заключений подвижника. «Самое тяжкое в моих условиях, – писал Батюшка, – это принудительное сожительство. Мы здесь 40–60 человек, как в улье пчелы, добавь к сему игры, ругань, споры, зависть, озлобленность и многое другое до потери человечности… Но надо смиряться, терпеть и благодарить Господа, спасающа меня, грешнаго…»

   Все близкие отцу Рафаилу прихожане были убеждены, что вина в его страданиях лежит на ставшем настоятелем Сергии Шумилине (у правящих архиереев Калужской епархии не раз возникали сомнения в правомочности его священства) и бывшей старосте храма Наталье Александровне.

   В письмах из лагеря отец Рафаил писал: «…чтобы получить прощение от Господа, надо самому простить. Прошу: не сердись ни на кого, а тем более на отца Сергия, как не сержусь ни на кого я, и всем все простил в самый час скорби моей, и до самой смерти буду о них молиться не яко за врагов и обидчиков, а яко о благодетелях спасения моего, – да помилует их Господь…

Поступи так же, и воцарится в душе твоей мир и покой, а в этом все счастье человеческое на земле. А то, что совершилось со мною, то это все не по хотению человеков, а по воле Божией – ко спасению моему, и этой воле Божией я покорен на все виды страданий и смерти, какова она ни будь. <…> Слава Богу за все! Без этой скорби жизнь моя была бы не полна. <...> Отцу Сергию скажи, если судит мне Господь живу быти и возвратиться, то одной милости буду просить у всего народа – быти мне сторожем святого храма Божия и дома Матери Божией – и только…»

   Получив от старосты Натальи покаянное письмо, смиренный Исповедник писал: «Винить… тебя всецело в предательстве – я этого не мог допустить и в мысли…<…> Обо мне не скорби – а молись… Ничего не жалею… ничего не желаю, кроме: да укрепит меня Господь, даруя христианскую кончину живота моего… Митры и кресты драгие и славу суетную оставляю честолюбцам. Земно тебе с отцом Сергием кланяюсь, прошу прощения грехов моих вольных и невольных. Господь да простит и всех вас, спасения душам вашим даруя… »

   Во всех этих тяжелых обстояниях душа становилась, как небесная птица, свободна. «Силы мои изнемогают – но не дух – и крепость моя Господь! » – писал отец Рафаил.

   После возвращения из лагеря Батюшка служил в восстановленном им Благовещенском храме вторым священником.
   На Троицкую родительскую субботу 1957 года он дотемна служил панихиды на кладбище, всем хотелось, чтобы именно этот смиренный Исповедник помолился за почивших сродников. И он по любви к людям никому не отказывал. Он уже привык к крайнему самоотречению – к подвигу, который совершался уже почти незаметно для него самого. Когда отец Рафаил вернулся с кладбища домой, стало ясно, что он болен воспалением легких. Через 10 дней он скончался. Когда Преподобноисповедника хоронили, то гроб с его телом двигался почти в течение всего дня до кладбища – столько народу хотело проститься со Старцем. Похоронен он был на городском кладбище города Козельска.

   22 июня 2005 года по благословению Патриарха Алексия мощи преподобноисповедника Рафаила были перенесены на братское кладбище Оптиной Пустыни, а 14 июня 2007 года состоялось их обретение. Позднее, в декабре, честные останки были перенесены в Преображенский храм обители, а имя Святого включено в Собор новомучеников и исповедников Российских для общецерковного почитания.