Мученик Стефан родился в 1898 году в селе Константиновка Мелитопольского уезда Херсонской губернии в благочестивой крестьянской семье Пимена и Евфросинии Наливайко. Огромное влияние на воспитание мальчика имела его мать, Евфросиния Романовна, усилиями которой он получил хорошее церковное образование, прекрасно знал Священное Писание и полюбил читать духовные книги.

После установления советской власти, когда начались гонения на Православную Церковь, Евфросиния Романовна стала ходить по соседним селам с проповедями. Власти предупредили ее: «Бабка, кончай проповедовать, а то иначе посадим». Но не послушалась их Евфросиния. Наконец зимой 1927 года пришли ее арестовывать. Она надела кожух, а о втором кожухе говорит парню, которому было поручено ее арестовать:

— Ты бери два кожуха.
— Да зачем мне? — сказал он.
— Да тебе еще придется меня обратно везти.
— Бабка, много ты знаешь, — надменно ответил он и не взял кожух.
После допроса Евфросинию Романовну отпустили домой, и тот же парень повез ее в село Константиновку.
Скончалась она в родном селе в своем доме в 1929 году.

Когда Степану исполнилось девять лет, родители отдали его в церковноприходскую школу, в которой он проучился три года, после чего поступил в училище при Григорие-Бизюковом монастыре, где он учился два года. В это время настоятелем монастыря был архиепископ Таврический Димитрий (Абашидзе) и монастырь славился благочестием иноков и миссионерами. Обучение в церковноприходской школе и, в особенности, жизнь в Григорие-Бизюковом монастыре оказали на Степана благотворное влияние и сказались потом на всей его жизни.

Здесь Степан впервые проникся поэтической красотой и духовной глубиной православного богослужения. Он посещал почти все службы, и его благословили прислуживать во время богослужения. Здесь он ощутил атмосферу святости, глубже ознакомился с церковным преданием, изучая жития святых. Никакой подвиг, никакое мужество, никакой труд, никакая нравственная и духовная красота, никакая мирская мудрость не могут сравниться с подвигом, мужеством, трудом, нравственной и духовной красотой и мудростью святого. Весь мир с его представлениями об идеале и подвигах померк в глазах мальчика, как бледная тень подлинной жизни и подлинной цели. Образ христианского идеала и жажда достигнуть его поселились в душе Степана и не оставляли в течение всей его жизни. Особенно его поразило, как и многих русских подростков, житие Алексия, человека Божия.

Когда мальчику исполнилось четырнадцать лет, он вернулся домой и стал помогать отцу по хозяйству. Его отец, Пимен Константинович, был из бедных крестьян, своей земли не имел и арендовал от пяти до десяти десятин, когда сколько было по силам обработать; имел двух лошадей и корову. Но не к хозяйству склонялись ум и сердце Степана, и в 1914 году, когда ему исполнилось шестнадцать лет, он уехал в город Геническ, поселился на монастырском подворье и был принят певчим в монастырский хор. Здесь он почувствовал недостаток церковного образования, в основном в знании церковного устава, и в течение двух месяцев усиленно занимался изучением устава в Корсунско-Богородицком монастыре. После этого, вернувшись в родное село, он поступил певчим в церковь, где настоятелем тогда был священник Павел Буцинский, расстрелянный впоследствии большевиками. Одновременно Степан помогал отцу по хозяйству.

В феврале 1917 года Степан был мобилизован в действующую армию. После трех месяцев обучения в городе Екатеринославле он был направлен на Румынский фронт. В июле 1917 года немцы, пользуясь происшедшей в России революцией и связанной с ней дезорганизацией армии, перешли на Румынском фронте в наступление, в результате которого части 134-го Феодосийского полка, где служил Степан Наливайко, попали в плен. Находясь в плену, Степан около двух месяцев работал в прифронтовой полосе, а затем был отправлен немцами подневольным рабочим в концлагерь «Ламсдорф», где пробыл до января 1918 года, когда администрация лагеря отправила его на гражданские работы в поселок. К тому времени Украина по Брест-Литовскому договору отошла к Германии и была занята германскими войсками. Мать Степана, Евфросиния Романовна, обратилась к оккупационным властям с просьбой разрешить вернуться их сыну из плена домой. Осенью 1918 года разрешение было получено и Степан снова был заключен в концлагерь «Ламсдорф», на этот раз для отправки на родину. Но отправить его не успели, так как в самой Германии произошла революция, и в связи с нею условия содержания в концлагере военнопленных настолько ухудшились, что им стала грозить голодная смерть. И Степан бежал из концлагеря. Домой в Россию ему пришлось идти пешком днем и ночью, дорогой перенося голод и холод. Так он прошел часть Германии, Австрии, Венгрии, переправился через Российскую границу, добрался до Херсона и, наконец, пришел в свой уездный город Алёшки, где получил документы, свидетельствующие, что он солдат, вернувшийся из плена домой. В родной дом Степан пришел за четыре дня до Рождества Христова. Он устроился в храм псаломщиком и работал в своем, до крайности бедном по тем местам, хозяйстве.

Отец к тому времени состарился, мать была тяжело больна, за ней некому было ухаживать, и Степан ради этого решил жениться. Девушку взял круглую сироту из того же села, Харитину Дмитриевну Севастьянову. Через год у них родилась дочь Раиса.

Перед глазами стояли христианские идеалы древних святых, в особенности подвиг святого праведного Алексия, человека Божия, и в начале апреля 1923 года он оставил дом, жену, дочь и хозяйство и отправился странствовать. Глубокой ночью покинув родное село, он направил свой путь в Москву. Путешествие до Москвы заняло больше сорока дней. Придя в Москву, Степан поисповедовался в Даниловом и Донском монастырях и молил Бога, чтобы Тот указал ему, что надо сделать, чтобы явиться к правителям России и сказать им Божию правду.

В это время скончался патриарший архидиакон Константин Розов. Отпевание и похороны были назначены на 3 июня в три часа дня на Ваганьковском кладбище. Народу собралось множество. Когда гроб с почившим был внесен в церковь, двери храма закрыли, и к ожидавшей толпе вышел священник и сообщил, что похороны архидиакона переносятся на утро следующего дня ввиду того, что не успели приготовить могилу и не прибыли ближайшие родственники.

Люди еще не разошлись, когда на возвышение взошел Степан и сказал проникновенное слово о почившем архидиаконе, а затем, обращаясь к народу, прибавил:

— Время сейчас очень трудное, тяжелое, но это время избавления народа от греха, поэтому, прошу вас — не забывайте Бога. Крестите детей. Не живите невенчаными. А главное, живите по совести. Настанет время, когда православные христиане воспрянут, Бог этих богоненавистников свергнет.

Во время его речи милиция попыталась пробраться к кафедре, чтобы арестовать проповедника, но народ стоял стеной и не допускал. Тогда был вызван наряд милиции, Степан был арестован и на пролетке отвезен в отделение милиции. Дорогой милиционер спросил Степана, из какой он губернии. Степан ответил:

— Губернии все мои.
— Как ваше имя и сколько вам лет? — спросил милиционер.
— Мне двадцать четыре года. Фамилия моя Наливайко Стефан Пименович.
— Где ваши документы? — спросил милиционер.
Степан расстегнул на груди рубашку и, показывая на тяжелый оловянный крест, сказал:
— Вот мои документы. Больше у меня нет ничего.

В отделении милиции он отказался отвечать на вопросы и был отвезен в ГПУ. Здесь ему предложили заполнить анкету. Степан на вопрос, к какому он принадлежит государству, написал: «Новому Иерусалиму». И для неосведомленного следователя пояснил: «Сходящему с небес». На вопрос о профессии написал: «Жнец». О работе: «Свидетель слова Божия, проповедник». На вопросы, где работал, на какие средства жил и владел ли каким недвижимым имуществом, написал: «По воле Иисуса Христа, всем тем, что подавал Иисус Христос». На вопрос о воинском звании, ответил: «Воин Иисуса Христа».

7 июня состоялся допрос, на котором Степан продолжал юродствовать. На вопрос анкеты о семейном положении он написал: «Сейчас я — один и буду один, а что было прежде — всё мертво, миновало». На вопрос анкеты об имущественном положении написал: «Вечное Евангелие внутри меня». На вопрос о политическом убеждении ответил: «Истинно православный христианин». На вопрос, чем занимался и где служил, ответил словами, полными скорби и горечи: «Не помню, но знаю, что в России, тогда еще Россия была, а теперь я вам не буду о России говорить, потому что ее не существует». На вопрос следователя, откуда он прибыл, Степан ответил: «Я прибыл в Москву в четверг перед Троицей из Нового Иерусалима, сходящего с небес, пешком».

<…> — Как вы относитесь к советской власти?
— Я настоящую власть не одобряю, потому что она не признает Бога. Я послан бороться с этой властью, но борьба моя не воинским оружием, а словом правды Священного Писания.
На этом допрос окончился. Следователь, внимательно прочитав ответы Степана, через два дня снова вызвал его и спросил:
— Почему не существует теперь России?
— Россия была тогда, когда стояли у власти православные, а теперь город Вавилон, то есть город беззакония, — ответил Степан.
— Вы принимали участие в гражданской войне?
— В гражданской войне я участия не принимал. Способ избавления от грехов беззакония — это обращение людей к правде, то есть признание Иисуса Христа Сыном Божиим. Я не могу придерживаться этой власти, потому что никто не может угодить двум господам. Эта власть вредна, потому что она идет против Бога. Я желаю власть ту, которая всецело повинуется Иисусу Христу, Сыну Божию. Эта власть — тьма, а при той власти люди ходили бы в свете.

Через два дня Степана снова вызвали на допрос. На вопросы следователя он ответил:
— Свое выступление я начал только что, именно в тот день, когда меня задержали на Ваганьковском кладбище. Где я жил до этого времени или что делал, я не скажу, так как я, начав свидетельствовать об Иисусе, умер для всего прежнего, всего земного.

Наконец следователь спросил:
— Вы советскую власть признаете?
— Как ее не признать? Как можно не признать власть, когда она существует? Вот вы скажете — это чернильница, и вы спросите меня — это чернильница? И я отвечу — конечно, чернильница. Как я могу сказать, что ее нет? Власть, конечно, есть. Но многие взгляды с ней на религию я не разделяю. Если бы не было гонений на Церковь, то я бы разделял с ней свои взгляды. Если бы власть не разоряла церкви, не убивала и не высылала священников, то я бы ее приветствовал, а так — нет, приветствовать я ее не могу и не хочу о том врать.

<…> 7 апреля 1941 года Особое Совещание приговорило Степана Пименовича к пяти годам заключения в исправительно-трудовой лагерь. Перед отправкой в лагерь ему дали свидание с дочерью. И отец сказал ей, что в гостях тогда у отца Николая был не брат, а начальник следственной части НКВД, и сам отец Николай является сотрудником НКВД. Всё, в чем обвинили его, — выдумка, но поскольку решение о его деле выносило Особое Совещание, то никто не стал проверять, кто и что там говорил. Осудили его за то, что он был судим раньше.

Степана Пименовича отправили в исправительно-трудовой лагерь в Норильск. С началом Великой Отечественной войны переписка между ним и родными прекратилась. Только в начале 1945 года они получили от него первое после перерыва письмо: «До окончания моего срока остается три месяца. Даст Бог, и нам придется еще пожить вместе».

Родные послали ему письмо, деньги, посылку, но ответа уже не пришло. Через некоторое время Раиса Степановна написала в управление Гулага, откуда ей ответили, что Степан Пименович Наливайко умер 12 февраля 1945 года. От голода.

Причислен к лику святых Новомучеников и Исповедников Российских на Юбилейном Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви в августе 2000 года для общецерковного почитания.

«Жития Новомучеников и исповедников Российских»