Блаженный затворник родился 24 июня 1791 года в селе Горки Коротоякского уезда Воронежской губернии, в семье Луки Ивановича Быкова, дворового крестьянина некоего помещика. Во святом Крещении был назван в честь Предтечи Господня – Иоанном. Младенец с самого рождения являл собой нечто дивное и необычайное для своего возраста. Грустное выражение его личика поражало всех, кто его видел; взор Иоанна был постоянно устремлен к иконам. Подросши, он отличался особыми незлобием и кротостью.
С десяти лет отрок стал искать уединения. Игр и забав он не любил и даже иногда прятался от своих сверстников. Единственным другом его был Василий, сын местного барина, с которым они проводили много времени в духовных беседах. Но Василия отдали обучаться грамоте, и на некоторое время Иоанну пришлось расстаться со своим приятелем. Он несколько раз ходил с отцом на богомолье в Киев, а на 15-м году начал юродствовать. Когда же молодой барин Василий Федорович вернулся домой, то часто работал на поле с Иоанном. На свободе, с плугом в руках, они предавались молитвенному деланию. Их пение было гармонично и стройно настолько, что уподоблялось славословию небожителей. Часто выходили они по ночам из дома и молились под открытым небом. В знак своей дружбы и единомыслия юноши надели на себя железные пояса, заперли их замками, а ключи бросили в реку. Это добровольное истязание плоти своей продолжалось до тех пор, пока от врезавшегося в тело железа не образовались глубокие гнойные язвы, – только тогда тайна обнаружилась, и оковы были сняты с юношей насильно.
Вскоре Василий поступил на военную службу. Иоанн же претерпевал много укоризн и побоев от родителей за юродство, которым прикрывал свои подвиги. Втайне работавший Единому Богу святой не старался постигнуть ни одного ремесла, но окружающие объясняли его странное поведение ленью и нежеланием трудиться. Естественно, помещику, в собственности которого находился юноша, это понравиться не могло. Он отдал Иоанна в помощники столяру, но блаженный только портил материал, как будто ничего не понимая, и мастер отказался от него. Тогда господин сделал его пастухом. Но и тут, углубленный в молитву и размышления, молодой человек не замечал, что скот заходит в засеянные поля. Помещик наказывал подвижника, а другие пастухи били его иногда так, что он терял сознание.
Блаженный Иоанн сносил все безропотно – и когда ему наносили удары, и когда в мороз запирали в холодном чулане. Никто не видал его слез, не слышал его стонов, и никто его не жалел. Пользуясь расположением  местного священника, юноша нередко ходил к нему по ночам, черпая в его советах и наставлениях духовную силу и мужество. Особенно Иоанн любил молиться там перед образом святителя Димитрия Ростовского. Как-то, когда он в очередной раз незаметно пришел в дом священника, чтобы вознести молитвы, благочестивый иерей был разбужен сладостным пением. Заглянув в замочную скважину, он увидел коленопреклоненного юношу, ярко озаренного небесным сиянием, исходившим от иконы святителя.
Однажды ночью Иоанн тайно покинул дом. Пожив некоторое время у двух подвижников, он поступил в Киево-Печерскую лавру, где три года был послушником при трапезной, прекрасно исполняя обязанность ее распорядителя и оказывая услуги инокам. Лаврские монахи полюбили его за кроткий и тихий нрав. Между тем богомольцы с родины святого принесли домой весть о его местонахождении. Киевская полиция потребовала от подвижника письменный вид, которого у Иоанна не было, и он был вынужден возвратиться к помещику.
В родной деревне подвижник вновь принял вид юродивого, вошел без доклада в контору барина, помолился на иконы, но хозяину не поклонился и на расспросы отвечал странными телодвижениями. Не понимая настроения святого, помещик сковал его и запер под караулом в амбар, приказав не давать ему пищи и пития. Узнав об том, брат Иоанна, Ларион, тайно принес ему еду, намереваясь подать ее через окно. Но святой отказался от приношения, сказав, что нужно с терпением переносить все испытания. Также его посетил священник, принесший икону святителя Димитрия. Батюшка опасался помещичьей стражи и злых собак, но, войдя во двор, застал караульных спящими, а свирепые псы ласкались к нему, как кроткие овечки. Безпрепятственно дойдя до амбара, он тихо кликнул раба Божия. «Митенька пришел, – отозвался Иоанн, имея в виду святителя Димитрия, – ему и псы повинуются, не только видимые, но и невидимые. Митенька, голубчик, Митенька желанный пришел ко мне в гости!..», – с детской радостью восклицал подвижник, лобызая святой образ. Когда же помещик уехал на несколько дней в Острогожск, то в это самое время прибыл из своего полка молодой барин Василий Федорович. Узнав о страданиях друга, он хотел сбить с двери замок, но Иоанн уговорил его разобрать крышу, и таким образом вылез из амбара. Когда принесли инструменты, чтобы снять с него железо, оно само упало к его ногам.
Получив долгожданную свободу, святой некоторое время странствовал, посетив Киев, Почаев, Воронеж, Задонск и Саров. Ходил он летом и зимой босым, в ветхом рубище, едва прикрывавшем его изнуренное подвигами тело. По прошествии десяти лет юродства Иоанн познакомился со старицей Дарией Кутуковой. Когда они вместе прибыли к старцу Илариону Троекуровскому, известному своей высокой духовной жизнью, тот благословил Иоанна на затвор в селе Сезенове Тамбовской губернии.
В то же время помещику Сезенова, князю Несвицкому, приснился знаменательный сон. Он увидел, как из находящегося у него на стене Корсунского образа Божией Матери вышел младенец и сказал ему: «Возьми меня к себе на руки и дай место для молитвы, я – Иоанн многострадальный». Вскоре к Несвицкому пришли два путника – старица Дария и блаженный Иоанн, действительно похожий на ребенка.
Так начались затворнические труды святого. Теплившаяся перед иконами лампада едва освещала убогую келью. Ночь и большую часть дня Иоанн никуда не выходил, кроме как в церковь – за водой для себя и для поливки деревьев, а также в лес – за саженцами. В келье он занимался молитвой, рукоделием, чтением, иногда писал; полагал в сутки по 1000 земных поклонов. Пищею ему были пшеничный хлеб, картофель, кашица из манных круп, яичница из одного яйца, капуста, приправленная деревянным маслом. Как истинный воин Христов, подвизаясь в борьбе со страстями, блаженный не щадил собственного тела, изнуряя его постом. Иногда он ничего не вкушал по два-три дня. Приобщать Иоанна Святых Христовых Таин приходил его духовник из Лебедяни, которого он и сам нередко посещал для Исповеди. Святой никому не показывал своего лица, только изредка его случалось увидеть келейнику и немногим избранным. Они описывали подвижника смуглым, его волосы – черными, длинными, редкими, почти без бороды; роста он был высокого, с немного прищуренными глазами. На всем облике лежала печать мирного и святого настроения души. Тело затворника было покрыто ранами, которые он не лечил и даже не перевязывал, но закладывал деревянными щепками, что только усугубляло болезнь. Носил он и вериги в 18 фунтов, железные башмаки, обтянутые сукном, а также чугунные четки.
Вскоре в народе пошел слух о подвижнической жизни затворника, и к его келье начали собираться толпы людей. Иоанн никому не отказывал в беседе – разговаривал с посетителями через запертую дверь речью приветливой и убедительной, хотя смысл ее был сокрыт в притчах. Особенно увещевал он надеяться во всем на Бога, стараться исполнять Его заповеди, иметь незлобие и воздерживаться от мщения.
Но не всем был по душе смиренный подвижник. Более других, наущаемый врагом нашего спасения, усердствовал в брани против него местный диакон. Иоанн же только радовался клеветам и оскорблениям и как-то на вопрос о том, как же он терпит унижения, ответил своему ученику: «Да если бы не было у нас врагов, то как бы мы вошли в Царство Небесное?!» Когда диакон этот тяжко заболел и был при смерти, святой исцелил его, и тот осознал свое заблуждение и покаялся. Врачевал затворник маслом из лампады, просфорами, кореньями, сухим листом и чаем.
Блаженный стяжал и дар прозорливости. Однажды, собираясь с крестьянином Бирюковым в лес, он попросил его взять с собой топор, а уже в лесу сказал вырубить и заострить кол. Приблизившись к селу, он вбил его в землю, говоря: «Здесь будут звонить колокола, здесь будет стоять монастырь, но потом его разрушат». Так и случилось. Женский монастырь в Сезенове был построен уже после смерти святого Иоанна, а пророчество о его разрушении исполнилось спустя много лет, после кровавых событий 1917 года.
Мало-помалу затворник собирал вокруг себя вдов и дев для будущего монастыря. Они устраивали кельи неподалеку от места его подвига и жили в благочестии. Святой приучал их к послушанию и, чтобы укрепить веру в спасительность этого подвига, давал им иногда поручения, с виду невозможные, которые, однако, впоследствии исполнялись. Так, некой сестре он велел принести ему живую сороку, и когда та, выйдя на дорогу, стала звать птиц, одна из них сама далась ей в руки. Другой приказал найти живого зайца, и та в лесу наткнулась на спящее животное и без затруднений принесла его затворнику.
В 1838 году, в день Рождества Пресвятой Богородицы, блаженный заложил в Сезенове новый семипрестольный каменный храм. Предприятие казалось неосуществимым, но возведение этого собора и обители вокруг него сопровождались чудесными событиями. Величественная церковь поднялась в 1842 году – подвижник этого уже не дождался, почив 14 декабря 1839 года, на 49-м году жизни, после 22-летнего затвора.
Во время приготовления тела святого к погребению на лице его сиял румянец, а сам он имел вид спящего. Так как для похорон затворника в приготовленном им заранее склепе потребовалось разрешение тамбовского епископа, то гроб стоял 27 дней в жарко натопленной келье. С утра до поздней ночи в ней толпился сходившийся отовсюду народ, и, несмотря на спертый воздух, тело не только не предалось тлению, но и источало благоухание.
Наконец, 12 января, состоялось погребение. Во время заупокойной Литургии на лице почившего выступили обильные капли маслянистой ароматной жидкости; страждущие вытирали их своими платками и, прикладывая их к больным местам, исцелялись. Все стремились прикоснуться ко гробу, и многие недужные и одержимые злыми духами возвратились домой в полном здравии.
С тех пор могила приснопамятного затворника Иоанна стала местом усердных молитв и посещений благочестивых паломников, привлекаемых святостью его жизни и многими знамениями благодати Божией, явленными и являемыми с верою к нему обращающимся. В 1988 году блаженный был прославлен Русской Православной Церковью в Соборе Тамбовских святых.