Преподобный Галактион родился в Москве в царствование Иоанна Васильевича Грозного (1533-1584 гг.). По своему происхождению он принадлежал к самому знатному боярскому роду: отцом его был князь Иоанн Иоаннович Бельский, потомок Литовских князей. При крещении отроку наречено было имя Гавриил. Отец его подвергся царской опале и был казнен, когда отроку было семь лет. Родственники отвезли его в город Старицу, и он проживал там, скрывая от всех свое происхождение, и Бог хранил его. Благочестивый отрок усердно посещал храм Божий, ревностно изучал Божественное писание, а пропитание добывал себе ремеслом сапожника. Достигнув совершеннолетия, он сочетался браком с девицей из простого звания, но супруга его вскоре умерла, оставив после себя новорожденную дочь. Видя в этом указание свыше, Гавриил решился посвятить себя Богу. Он отдал дочь свою на воспитание родным, возложил на себя тяжелые вериги и начал подвизаться в посте и молитвах. Городских жителей он упросил дать ему небольшой участок земли близ посада на реке Содиме, поставил там себе небольшую келью и затворился в ней. Вскоре он принял иноческий постриг и наречен был Галактионом. Не оставив своего ремесла, он шил сапоги и заработанные деньги делил на три части: церкви, нищим и себе на пропитание. Своими руками он ископал близ кельи пруд, обсадил его деревьями и развел в нем рыбу. Дни свои инок проводил в трудах, а ночи — в непрестанных молитвах и песнях духовных. Благодать Божия просветила разум его, воздержание и пост усмирили плоть, уединение и безмолвие развили смирение, наполнили сердце его радостью и весельем.

Жители города Вологды и окрестностей, узнав о дивном житии преподобного Галактиона, приходили, чтобы посмотреть на него, получить благословение, услышать слово назидания. А святой не довольствовался обычными иноческими подвигами: он приковал себя цепью к потолку своей малой хижины, так что не мог ни выйти куда-либо из своего затвора, ни лечь на пол; когда его одолевал сон, то он только преклонял колена и в таком положении, держась за цепь, на краткое время забывался дремотой. В редких случаях он покидал келью, как, например, однажды во время великой засухи, грозившей голодом, когда Вологодский владыка послал за ним просить, чтобы преподобный помолился о даровании дождя в храме со всем народом. Господь услышал молитвы праведника и всего народа и послал сильный дождь, напоивший истомленную зноем землю.

Смутное время было тогда на земле русской: один за другим являлись самозванцы, а поляки и литовцы бродили по Руси и производили грабежи и насилия. Исполнившись дара прозрения, преподобный Галактион расковал свою цепь и в веригах явился в земскую избу, где собирался народ. Он советовал гражданам построить в один день на месте своих подвигов храм во имя Пресвятой Богородицы, и память чуда от иконы Знамения в Великом Новгороде, с верой в то, что Царица Небесная защитит город и избавит всех от нашествия иноплеменников. Однако жители Вологды не приняли благочестивого совета, а некоторые прямо обвинили святого в корысти — дескать, заботится он только о себе и ленится ходить в дальний храм. В ответ Галактион предсказал народу подробно о грядущих бедствиях, которые и произошли, когда вскоре, 22 сентября 1612 г., Божиим попущением, на Вологду напали поляки и литовцы. Они сожгли храмы, многих предали смерти, многих взяли в плен, не пощадили и угодника Божия. Набросившись на него с бешенством, вытащили его вон из кельи, волоча, нещадно били, поносили бранными словами, кололи мечами, сбросили ему на голову бревно с крыши здания. Видя приближение своей кончины, святой молил Господа простить ему все прегрешения и избавить от воздушных мытарств. Измученный врагами он преставился ко Господу с молитвой 24 сентября 1612 года. Благочестивые люди погребли его в келье, которую стали усердно посещать, так как Бог прославил чудесами Своего угодника.

Вскоре по просьбам граждан Вологды архиепископ Вологодский Варлаам повелел написать житие святого, воздвигнуть храм в честь иконы Знамения Божией Матери на месте кельи его и собрать братию. При следующем архиепископе Маркелле построен был соборный храм во имя Святого Духа, по имени храма и монастырь стал называться Свято-Духовым. Служба святому была составлена в 1717 году.