Священномученик Митрофан (в миру Иоанн Васильевич Краснопольский) родился 22 октября 1869 года в слободе Алексеевка Бирюченского уезда Воронежской губернии. Он вырос в очень бедной семье: отец его был каменщиком, а мать — дочь сельского причетника. В сельской школе он учился прилежно и закончил ее первым учеником. Благодаря ходатайству его сельского учителя Иоанна определили в Духовное училище, где он содержался на средства этого же благодетеля. После окончания Духовного училища он поступил в Воронежскую Духовную семинарию. В 1890 году, закончив обучение, Иоанн женился и в том же году был рукоположен в сан диакона. После смерти супруги в 1893 году он поступил в Киевскую Духовную Академию, где в 1896 году принял иноческий постриг с именем Митрофан (в честь святителя Митрофана, первого епископа Воронежского). Через год иеродиакон Митрофан был рукоположен в сан иеромонаха. По окончании Киевской Духовной Академии со степенью кандидата богословия его назначили инспектором Иркутской Духовной семинарии. В 1902 году возведенный в сан архимадрита отец Митрофан переводится в Могилев и назначается ректором местной семинарии. 25 января 1907 года Высочайше повелено ему быть епископом Гомельским — викарием Могилевской епархии. Наречение и хиротония во епископа происходили в Санкт-Петербурге, в Александро-Невской Лавре.
За основу своей деятельности на новом поприще епископ Митрофан поставил борьбу с инородческой пропагандой и сектанством. 3 ноября 1912 года владыка Митрофан был Высочайше утвержден епископом Минским и Туровским. Так же, как и в Гомеле, он на новой своей кафедре горячо отстаивал интересы Православной Церкви и русского населения края в условиях усилившейся, после революционных событий 1905-1907 годов, католической пропаганды и польского засилья. За эту непоколебимую позицию духовенство города Минска называло его «стойким борцом за православное дело». Исключительная ревность архиерея о Церкви, ее благе и чистоте напоминала его пастве святую ревность архипастырей времен Вселенских Соборов. Большая часть времени, проведенного священномучеником Митрофаном на Минской кафедре, пришлась на тяжелое военное время. Начавшаяся в августе 1914 года мировая война не обошла стороной пределов его епархии. Грозные волны военных событий докатились вскоре и сюда. Одно время и сам город Минск был чуть ли не захвачен неприятелем. В этих тяжелых условиях епископ Митрофан развернул широкую благотворительную деятельность по оказанию помощи мирным жителям, оставшимся без крова, из мест, захваченных врагом, а также по организации епархиальных лазаретов для раненых бойцов. Архипастырь часто ездил на фронт для поддержания морального духа русского воинства и не раз попадал под вражеский обстрел, проявляя в таких ситуациях чудеса выдержки и спокойствия. За особую деятельность по обстоятельствам военного времени епископ Митрофан был награжден орденом святого благоверного князя Александра Невского. 11июля 1916 года последовало назначение епископа Митрофана на Астраханскую кафедру.
11 августа 1916 года новый архипастырь Астраханский прибыл к месту своего служения. На встрече, приготовленной для него духовенством, Владыка сказал: «Не без смущения воспринимаю жребий сего служения в крае, который имеет богатое и по временам бурное прошлое, в крае, который с незапамятных времен служил дорогой для многих народов, оставивших тут следы своего пребывания и образовавших ту смесь населения, как наблюдается здесь. Все это вместе накладывает на местную жизнь печать своеобразности и требует в соприкосновении с явлениями ея особой внимательности и той мудрости, какую заповедал нам Христос, говоря: «...будите убо мудры яко змия и цели яко голубие» (Мф. 10, 16). И чувствуя, и сознавая трудность для себя служения в этом своеобразном и новом для меня крае в сей знаменательный момент вступления на кафедру святителей астраханских, испытываю живейшую потребность сердца обратиться к вам с усердным прошением умножить свои молитвы, чтобы мое служение и учение среди вас не было бесплодным. Прими и от меня, Богом данная паства астраханская, мой привет, мою любовь, мои молитвы и благословение». С первого дня, с первой его проповеди началось горячо ревностное служение епископа Митрофана на новом, Богом определенном месте. Архипастырь поистине пламенел душой к каждому делу. Маловажных дел для него не существовало. Наоборот, он за все брался с сильнейшей надеждою на быстрое Божие вспоможение. В обстановке военного времени епископ Митрофан старался возгреть в своей пастве чувства патриотизма, бескорыстного и преданного служения своей родине. Как и в Минской епархии, архипастырь продолжал и здесь дела благотворительности. Им был устроен епархиальный лазарет в здании церковно-приходских школ Казанской церкви. В Чуркинской пустыни была устроена школа для детей беженцев. Владыка Митрофан заботился и о материальном обеспечении бедствующих семей, у которых кормильцы были призваны в действующую армию. За короткое время Владыке удалось объехать всю Астраханскую епархию и посетить даже те приходы, в которых до него не бывал ни один из астраханских архиереев.
События начала марта 1917 года оставили глубокий трагический след в душе архипастыря. Рушились те формы уклада жизни, которые всегда воспринимались как норма. Епископ Митрофан внешне довольно спокойно встретил февральскую революцию и, следуя решению Святейшего Синода от 10 марта 1917 года, призвал свою паству повиноваться Временному правительству. Только глубокая тревога в ожидании надвигающейся духовной катастрофы русского общества наполняла архипастыря. В одной из своих проповедей, сразу же после мартовских событий, он призвал свою паству «разумно пользоваться дарованной свободой». Действительно, свобода начинала отнимать разум не только у «паствы», но и у пастырей. Пронесшаяся по России волна церковного брожения привела к страшным последствиям. Революционно настроенное духовенство смещало своих архиереев, обвиняя их в приверженности к монархии. Всюду были слышны требования о коренной реформе Церкви, отмене многих ее канонов. Подобная «революционная группировка» духовенства сложилась и в Астрахани. Был создан «совещательный комитет», который сразу же противопоставил себя правящему архиерею, идя с ним на прямую конфронтацию. Основываясь на опыте других епархий, уже преуспевших в «революционной церковной борьбе», этот комитет устремил свои усилия на созыв чрезвычайного епархиального съезда духовенства, чтобы через него выразить свое недоверие преосвященному Митрофану и сместить его. Но духовенство и паства Астраханской епархии успели полюбить своего нового архипастыря и не пошли на поводу у раскольников. Духовный авторитет епископа Митрофана оказался столь велик, что его противникам не удалось поднять даже голос на съезде. По существу, Астраханский епархиальный съезд выразил полное доверие архиерею и дал ему возможность спокойно продолжать свою архипастырскую деятельность. Подобное отношение духовенства и мирян к своему архипастырю берет начало из его замечательных духовных качеств.
29 апреля 1917 года Священный Синод объявил о начале подготовки Всероссийского Поместного Собора. И хотя подготовка к нему и выборы в епархиях участников проводились под довлеющим контролем революционной власти, желавшей превратить его в торжество обновленчества, но именно с предстоящим Собором у всех верных чад Православной Церкви были связаны самые большие надежды. Епископ Митрофан хорошо понимал, что только на Соборе Церковь может восстановить свое исконное каноническое возглавление — Патриаршество. Как только появились первые известия о предстоящем Соборе, он стал энергично готовиться к нему. Владыка собирал, кропотливо исследуя и соединяя воедино, исторические и канонические свидетельства об институте Патриаршества, которые потом легли в основу его доклада о восстановлении Патриаршества. Помимо этого важного дела епископ Митрофан, выражая горячее желание своей паствы, решил поставить на Соборе вопрос о канонизации местночтимого астраханского угодника митрополита Иосифа. Почитание святителя Иосифа, убитого сподвижниками Степана Разина в 1671 году, в Астраханской епархии существовало уже давно. Многочисленные случаи благодатной помощи по молитвам этого святого угодника Божия стали происходить со дня его мученической кончины, но собирание и запись этих сведений стали производиться со всей тщательностью только в конце XIX века. В 1911 году, благодаря ходатайству перед епархиальным начальством представителей светского общества во главе с астраханским губернатором генерал-лейтенантом И. Н. Соколовским, был образован «Комитет по делу открытия и прославления честных останков митрополита Иосифа». В 1913 году в Астрахань прибыла Синодальная комиссия для ознакомления с состоянием мощей святителя Иосифа. Мощи его найдены были нетленными. Но дело с канонизацией затянулось. Трудами епископа Митрофана была проведена большая работа по выявлению и проверке всех случаев чудесной помощи на могиле святителя. 11 августа 1917 года епископ Митрофан вместе с другими выбранными делегатами от Астраханской епархии выехал в Москву для участия в Поместном Соборе. После торжественного открытия Собора в день Успения Божией Матери, 15 августа, начались его заседания. Епископ Митрофан был избран председателем отдела Высшего Церковного управления. Именно этот отдел должен был выработать в своих недрах, а потом и вынести на обсуждение Собора проект тех форм управления Церковью, которые и должны определять ее жизнь в будущем. Епископ Митрофан твердо стоял на позициях восстановления Патриаршества, и у него было немало сторонников, особенно среди епископата. Но нужно было преодолеть течение Собора, которое запрограмировала на свой лад прообновленчески настроенная группа депутатов, и повернуть его в совершенно другое русло. Здесь необходимы были духовный порыв и необычайная твердость в защите своих убеждений. Действительно, этих качеств епископу Митрофану было не занимать. Ему приходилось практически один на один биться со своими противниками, находясь на самом переднем крае, подвергаясь ожесточенным нападкам.
Епископ Митрофан выступил с докладом к Собору, в котором обосновывал необходимость восстановления института Патриаршества. Во многом благодаря его энергичной работе 28 октября 1917 года это важное историческое решение было принято. По окончании торжеств избрания Святейшего Патриарха Московского и всея России Тихона и работы первой сессии Поместного Собора епископ Митрофан в начале декабря возвратился в Астрахань. После пылающей в огне гражданской войны Москвы Астрахань выглядела довольно спокойно. Но не надолго. 12 января 1918 года в Астрахани началась братоубийственная война. Солдаты — сторонники советской власти, укрепившись в кремле, отбивались от нападавших на них белоказаков. Много потерпели от боевых действий астраханские храмы и городское духовенство, но особенно тяжелый крест выпал на долю преосвященного Митрофана. Он все время жестокой войны провел в центре обстрела, среди враждебно настроенной толпы революционных солдат, наполнявших кремль, где находился и архиерейский дом. Были моменты, когда Владыке грозила смертельная опасность — и не от выстрелов и снарядов, а от ненависти и озлобления. Под тем предлогом, что из здания консистории и покоев Владыки стреляют, защитники крепости разнесли в пух и прах консисторию, ворвались в квартиру епископа. После прекращения боев епископ Митрофан был отпущен. Временное пристанище он нашел в Иоанно-Предтеческом монастыре.
25 января 1918 года был опубликован Декрет советской власти «Об отделении Церкви от государства». Этот декрет большинством православных верующих был оценен как начало неприкрытого, яростного гонения большевиков на Церковь. В знак протеста против действия властей, по инициативе епископа Митрофана, в Астрахани 18 февраля был проведен крестный ход, в котором приняли участие почти все жители города.
В мае 1918 года епископ Митрофан отправился в Москву на вторую сессию Поместного Собора. Здесь с большим чувством и благоговением им был сделан доклад о необходимости канонизации святителя Иосифа, митрополита Астраханского. 18 апреля Поместный Собор Русской Православной Церкви принял решение о прославлении святителя Иосифа. Это была очередная духовная победа епископа Митрофана. Как только Владыка узнал об этом, он отслужил молебен перед привезенной из Астрахани иконой нового угодника, не дожидаясь общесоборного молебна по этому случаю. Поместный Собор выпустил особое деяние, которое и было оглашено позже во всех храмах города Астрахани. День официального прославления святителя Иосифа был назначен только на 11 мая 1919 года, в связи с тревожной обстановкой как по всей стране, так и в Астрахани. 20 апреля, на пятой седмице Великого Поста, закончилась вторая сессия Поместного Собора, и епископ Митрофан выехал в свою епархию. К празднику Светлого Христова Воскресения он получил большой подарок: постановлением Священного Синода Владыка был возведен в сан архиепископа. Не менее важным делом для архиепископа Митрофана, кроме его благочестивых трудов на Поместном Соборе, стало сохранение своей епархии от расколов и нестроений. 11 мая 1918 года Владыка совершил прославление святителя Иосифа, митрополита Астраханского. Торжественное богослужение происходило в Знаменском храме. Была попытка организовать крестный ход в Успенский собор, к мощам святителя, но власти не допустили этого. 8 июня произошло скорбное событие, которого со страхом ожидали верующие астраханцы: архиепископ Митрофан был арестован. Случилось это накануне праздника Святой Троицы в доме настоятеля Троицкого храма протоиерея Григория Степанова. Владыка Митрофан был арестован в два часа ночи. В ту же ночь в Иоанно-Предтеченском монастыре был арестован викарий Астраханской епархии епископ Леонтий. Священноисповедников обвинили в причастности к белогвардейскому заговору и даже причислили к его руководителям. Хранящееся в архиве дело о контрреволюционной деятельности Астраханского святителя дает истинную картину происходившего: на самом деле никакого заговора не было, а его существование задумано специально для оправдания ряда карательных мероприятий. Собравшийся в Троицком храме народ был крайне смущен и глубоко опечален непонятным арестом архиепископа. Предполагая, что Владыка взят для каких-либо допросов, так как собственной его вины за ним никто не находил, народ с нетерпением ожидал возвращения его для назначенного служения 9 июня на кладбище, но и туда он не был отпущен. Духовенство и прихожане храмов Астрахани усиленно ходатайствовали об освобождении архиепископа Митрофана, однако все было напрасно. Владыке уже не суждено было покинуть тюремные стены, где Господь уготовал ему славный венец мученичества за свою веру. Допросов архиепископа Митрофана в деле не сохранилось— как можно предположить, они или не велись, или специально не сохранялись. Участь его была уже заранее предрешена. В деле нет даты расстрела Владыки, только на арестном листе размашисто написано: расстрелян.
Сохранился рассказ очевидца смерти священномученика. В ночь казни архиереев он был дежурным по камерам арестованных. Около трех часов ночи к камере, где содержались епископы, подошли комендант Волков и караульный начальник. Комендант вошел в помещение и толкнул ногой спавшего на койке архиепископа Митрофана (Краснопольского), сказав: «Вставай!» Свидетель видел, как преосвященный встал и начал надевать рясу, но комендант схватил его за воротник рясы и закричал: «Живее выходи». Вслед за этим комендант ухватил его за руку и потащил к двери, а оказавшись во дворе, быстро зашагал и тянул за собой жертву. Архиепископ Митрофан был босиком; сделав несколько шагов, он споткнулся и упал. Его подняли и довели до закоулка, где происходили расстрелы. Здесь стояли трое с винтовками. Архиепископ Митрофан, увидев их, благословил по-архиерейски двумя руками, за что Волков ударил его рукояткой револьвера по правой руке и тотчас же схватил за левую часть бороды, с силой нагнув голову Владыки вниз, и в таком положении выстрелил из револьвера в левый висок. Святитель упал. Через несколько минут те же лица вновь вошли в камеру и вывели оттуда епископа Леонтия. Едва он дошел до того же места, как раздался ружейный залп. Это случилось 23 июня, в день празднования Владимирской иконы Божией Матери. Под большим секретом и за огромные деньги верующие сумели получить тело убиенного архипастыря и похоронить по полному архиерейскому чину.
На Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви в августе 2000 года архиепископ Митрофан (Краснопольский) канонизирован в сонме новомучеников и исповедников Российских.