Святительское служение св. Вениамин начал в 1910 г. как епископ Гдовский, Санкт-Петербургский викарий. Хиротонию совершили митрополиты Санкт-Петербургский Антоний (Вадковский, † 1912), Московский Владимир (Богоявленский, † 1918, память его 25 янв.), архиепископ Ярославский Тихон (Белавин, † 1925, память его 25 марта) и другие. Святительский сан владыка Вениамин воспринял как обязанность пастырского подвига и апостольской проповеди. Воздействие его наставлений среди всех страждущих и заблудших было велико и многих приводило к покаянию. Святителя отличали евангельская простота, отзывчивость, сердечность и доступность. События 1917 г. вызвали перемены в жизни Церкви, правящие архиереи стали избираться на епархиальных съездах духовенства и мирян, в Петрограде большинство голосов было отдано викарному епископу Вениамину.

С 6 марта он – архиепископ Петроградский и Ладожский, с 13 августа, накануне Поместного Собора Русской Православной Церкви, назначен митрополитом Петроградским и Гдовским.

Сразу после избрания Святитель сказал: «Я стою за свободную Церковь. Она должна быть чужда политики, ибо в прошлом она много от нее пострадала... Самая главная задача сейчас – наладить нашу приходскую жизнь». Все силы свои Святитель направил на защиту православных людей, ибо гонения начались сразу после декрета «Об отделении Церкви от государства», воспринятого властями как сигнал к уничтожению Православной Церкви; не прекратились гонения и насилия и после окончания Гражданской войны.

После окончания гражданской войны в 1921 г. страну охватила небывалая разруха и голод, что было использовано большевиками для усиления гонений на Церковь, которые проводились под лозунгом «похода пролетариата на церковные ценности». Властям необходим был повод к расправе с оставшимися верным святейшему Патриарху Тихону духовенством, а заодно и пополнение казны в ограбленной ими же стране за счет «поповский ценностей». В Петрограде изъятие ценностей началось в марте 1922 г. и сопровождалось волнениями народа, но острых столкновений не было, поскольку владыка Вениамин предупредил власти: «Мы все отдадим сами», – и благословил паству добровольно передать ценности, не имеющие богослужебного употребления. Тогда были раскручены организаторы обновленческого раскола, обвинившие петроградских иерархов в сопротивлении изъятию церковных ценностей и в участии в контрреволюционном заговоре против советской власти.

Святителя Вениамина арестовали первого июня 1922 г. без предъявления каких-либо определенных обвинений. Основанием к аресту послужила телеграмма из Москвы в Петроградский губотдел ГПУ: «Митрополита Вениамина арестовать и привлечь к суду. Подобрать на него обвинительный материал. Арестовать его ближайших помощников – реакционеров и сотрудников канцелярии… Менжинский».

Вместе с митрополитом Вениамином по делу «о контрреволюционной организации духовенства» было привлечено около 90 человек – видные церковные деятели, священники, миряне. Параллельно было возбуждено дело против православных братств. Это был разгром лучших сил петроградского духовенства и православной интеллигенции.

Известный богоборец-большевик Красиков, представляющий наркомат юстиции, во всеуслышание откровенно заявил о конечных задачах следствия и отношении властей к Православию: «Вся Православная Церковь – контрреволюционная организация! Собственно, следовало бы посадить в тюрьму всю церковь!»

Исход разбирательства был предрешен, но Владыка являл полнейшую невозмутимость. Последнее его слово, сказанное с глубочайшей искренностью, потрясло многих из неверующих людей: «Я не знаю, что вы мне объявите в вашем приговоре – жизнь или смерть, но что бы вы в нем ни провозгласили, я с одинаковым благоговением обращу свои очи горе, возложу на себя крестное знамение (при этом Владыка широко перекрестился) и скажу: “Слава Тебе, Господи Боже, за все!”»

Большинство обвиняемых в итоге были приговорены к различным срокам тюремного заключения. Митрополит Вениамин и с ним еще трое сподвижников: архимандрит Сергей (Шеин), профессор Юрий Новицкий и юрист Иоанн Кошаров были расстреляны в ночь с 12 на 13 августа 1922 г.