Святой Иона родился в г. Галич (около Казанской земли), в благочестивой семье раба Божия Феодора. Уже в двенадцатилетнем возрасте святой отрок облекся во иноческий образ в одном из местных монастырей; затем он пришел в Московский Симонов монастырь, где долго трудился в послушаниях.

В то время в Москве митрополитом был святой Фотий (1408–1431 гг.). Придя однажды в Симонов монастырь, Фотий отслужил там молебен и, преподав благословение архимандриту с братией, пожелал видеть также монастырских послушников и благословить их. Он зашел в пекарню и увидал там блаженного Иону, уснувшего после усиленных трудов; правая рука его была согнута так, как будто он благословлял ею; Фотий не велел будить его, но, благословив спящего, предсказал бывшим с ним, что сей монах будет святителем в странах Российских и наставит многих на путь спасения.

Чрез несколько лет, по Божию изволению, по избранию освященного собора и желанию царя, блаженный Иона был поставлен епископом города Рязани и Мурома, где обратил к Богу и крестил многих неверных.

Когда преставился ко Господу блаженный митрополит Фотий, Великий князь Василий Васильевич (прав. с 1425 по 1434 г.) созвал Собор и повелел им избрать достойного мужа на великий престол Российской митрополии; единодушно был избран святой Иона. Прибыв за благословением к святейшему патриарху Иосифу и царю Иоанну Палеологу в окатоличивавшийся в то время Царьград, святой Иона узнал, что те уже поспешили поставить своего избранника на Русскую митрополию – зломудренного Исидора. Святому же предложили лишь уповать на Божий промысел и отпустили домой.

Вскоре новопоставленный Исидор отправился на Флорентийский собор (Италия), как бы для утверждения Православной веры. На самом же деле он явился там ярым сторонником унии с католиками. По возвращении его через три года, благочестивые русские отцы узнали об отступничестве греческого митрополита и осудили Исидорово все дело. Исидор, видя, что его отпадение раскрыто, устыдился и тайно бежал в Рим, где был принят и обласкан папою.

Когда стало окончательно ясно, что Константинопольский Патриарх согласился на унию, Русская Церковь стала на защиту чистоты Православия. В декабре 1448 года в Москве был созван Церковный Собор, на котором Святитель Иона был вновь избран Митрополитом Всероссийским с титулом «Киевский и всея Руси» (место пребывания он избрал Москву, поэтому именуется также Митрополитом Московским). По благословению святейшего патриарха Цареградского Григория Мелиссины святой Иона был посвящен своими архиереями в Москве в соборной церкви. Так было положено начало автокефалии Русской Православной Церкви – независимости РПЦ от Константинополя.

Вступив на свой престол первый русский митрополит Иона стал усиленно заботиться о благоустройстве епархий и на искоренение в них униатства. Святой  непрестанно поучал паству благочестию, посылая послания; и вообще имел великое о ней попечение. Блаженный митрополит Иона сподобился получить от Бога дар чудотворения: исцелять недуги и предсказывать будущее.

Исполненный благодати Святого Духа и добрых дел и совершив святыню в страхе Божием (2 Кор. 7, 1), великий святитель Иона в преклонных летах сподобился чудесного откровения о своей кончине.

Церковный сторож соборной церкви, по имени Максим, ходя в одну ночь, по долгу службы своей, вокруг церкви, нашел ее отпертой и увидел, что в ней горят свечи и поют священники. Он очень испугался и побежал сказать о том ключарю, иерею Иакову. Тот поспешно отправился, но нашел церковь запертою, как и была, но изнутри был виден свет. Он отпер двери, вошел в храм и не нашел там никого, но свечи горели. Он устрашился и услыхал голос из алтаря, говорящий:

– Иаков! Пойди, скажи рабу Моему, митрополиту Ионе, так как он просит у Меня ради своего душевного спасения болезни телесной, – Я услышал его просьбу: пошлю ему на ногу язву, от которой он умрет; пусть, ввиду скорого преставления, не медлит окончить дела, возлагаемые обязанностью архипастыря.

Услыхав тот голос, Иаков исполнился страха и ужаса, недоумевал и никому не рассказал своего видения, даже самому святителю Ионе. Утром, на рассвете дня, святой Иона, призвав в себе Иакова, спросил его:

– Где ты был ночью, Иаков? Что ты видел и слышал? Почему ты не возвестил мне того, что было тебе открыто обо мне?

Иаков устрашился, упал к ногам святителя и сказал:

– Владыка, прости меня! Я не смел сказать тебе об этом, но я вижу, что тебе открыл об этом Святой Дух.

Святитель ответил:

– Бог да простит тебе, сын мой; но скажу тебе, что Бог отнимет у тебя супругу твою. Пойди же позаботься поскорее о душе ее, чтобы скончаться ей в покаянии.

До этого времени жена ключаря была совершенно здорова. Когда же он возвратился домой, то нашел ее уже больною, а чрез три дня она умерла, исполнив, как подобает, свой христианский долг покаянием и причащением Святых Христовых Тайн.

Недолго прожил после того и блаженный святитель. Он заболел язвою на ноге и, ослабев телом, не ослабел духом, продолжая и в болезни посещать церковь Божию. Готовясь предать святую душу свою в руки Божии, он благословил великого князя, его потомство и весь народ и, с молитвою на устах, отошел ко Господу в 1464-м году, марта в 31-й день; он пас церковь Божию двенадцать с половиною лет.

Через несколько лет по смерти святого Ионы скончался и Великий князь Василий Васильевич; ему наследовал сын его, ставший первым самодержцем земли Русской – святой царь Иоанн Грозный. По изволению Божию и по благословению преосвященного митрополита Геронтия, он пожелал построить новую соборную церковь вместо ветхой.

Тогда были обретены честные мощи святителей Феогноста, Киприана, Фотия, а также и святого чудотворца Ионы. А так как мощи святого Ионы оказались целыми и нетленными, то их положили в раку и поставили открыто в храме, как они почивают и теперь и сподобляют многих верующих, приходящих к ним с молитвою, просимой благодати. Аминь