Еще при жизни по молитвам преподобного Пафнутия Боровского происходили чудеса и исцеления.

Однажды приближался праздник Воскресения Христова, а в обители не было рыбы. Но Преподобный сказал печальным инокам: «Не скорбите об этом, братия, Господь, утешит нас!» В великую Субботу церковный пономарь вышел к потоку почерпнуть воды и вдруг увидел на речке множество рыбы. Пономарь известил Преподобного, а он велел закинуть мрежи, и рыба была наловлена на всю святую неделю.

Преподобный задумал строить каменную Церковь и сам трудился, созидал ее: несмотря на непогоду, в ветхом рубище, он носил на постройку камни и воду. Построив Церковь, Преподобный украсил ее иконами. В числе иконописцев был художник-мирянин Дионисий; он был болен ногами и потому не мог работать. «Начни доброе дело, – сказал ему Преподобный, – и Господь с Пречистой Матерью исцелят тебя!» Художник приступил к работе и получил исцеление.

Преподобный запретил иконописцам-мирянам употреблять в стенах обители мясную пищу, а велел ходить для сего в соседнюю деревню. Иконописцы, однако же, забыли это запрещение и раз принесли с собой печеный окорок мяса, начиненный яйцами, и стали ужинать. Первым вкусил вышеупомянутый Дионисий, но вместо яиц в мясе оказались черви… вдруг все тело Дионисия покрылось струпьями, и он, плача, послал товарищей просить прощения у Преподобного. Пафнутий велел ему идти в Церковь; там после молебна окропил его святой водой. Дионисий заснул после того и, проснувшись, уже не чувствовал никакой болезни. Все струпья пропали.

Место, где была обитель, было окружено густым лесом. Множество грачей гнездилось там. Любвеобильный игумен не дозволял губить их или трогать их птенцов. Однажды сын городского воеводы, проезжая мимо, убил одну птицу. Он был рад своей ловкости и, обернувшись назад, хвалился перед своими спутниками. Но вдруг почувствовал, что голова его осталась в таком положении, в котором он обернулся. Он никак не мог повернуть ее. Видя в этом наказание Божие, сын воеводы пошел к Преподобному и просил у него прощения. Преподобный с улыбкой сказал ему: «Отомстил тебе Бог и за кровь неповинной птицы» – и, отслужив молебен, осенил его крестом, после чего голова вернулась на свое место. Другой юноша пустил своего ястреба на ворона, но ястреб тотчас же сам пал мертвый к ногам хозяина.

Однажды воры пришли к обители и взяли трех монастырских волов; они уже хотели бежать, как вдруг ослепли и заблудились; до самого утра блуждали они. Слуги монастырские нашли воров и привели их к Преподобному, который, убедив их не воровать более, велел накормить их и отпустить.

В обители жил благочестивый инок Константин; он приближался к кончине. Ученик Преподобного, Иосиф, шел к учителю своему. Вдруг св. Пафнутий открыл окно келлии своей и сказал Иосифу: «Я сейчас слышал голос, который говорил: “Константин отошел ко Господу”; но теперь не вижу никого, кроме тебя». Иосиф отвечал: «Я сейчас вышел от Константина, но он еще жив». Преподобный велел Иосифу возвратиться в келлию больного, и Иосиф нашел его скончавшимся.

Благочестивый инок Евфимий имел от Господа дар прозорливости. Два брата имели дружбу, но не духовную, и сговорились тайно покинуть обитель. Во время литургии Евфимий, взглянув на поющих, увидел страшного косматого Мурина, который крюком старался тащить трех братьев с клироса; крюк срывался, но Мурин опять цеплял его за одежды братьев. Мурин несколько раз то исчезал, то появлялся опять, пока совсем не исчез во время освящения Святых Даров. С трепетом смотрел на это старец. После обедни он рассказал Преподобному, что видел. Преп. Пафнутий призвал иноков, кротко обличил их, и те с раскаянием признались во всем и исправились.

Во время голода преп. Пафнутий каждый день питал до тысячи голодных жителей из окрестностей.

Часто говаривал блаженный о милостыне, что она одна только может спасти нас, и рассказывал об одном человеке, который всю жизнь свою творил милостыню, а по смерти было о нем такое откровение: стоял он у реки огненной, чрез которую не мог перейти в места райские, и вот внезапно собралось множество нищих, и стали они ложиться перед ним, один возле другого, так что по ним, как бы по мосту, он перешел реку пламенную. «Можно было бы ему, – говорил Преподобный, – по воле Божией быть перенесенным туда на руках ангельских, но Господь строил для него сей чудный мост ради его нищелюбия».

Не только иноки, но и множество мирян приходили к Преподобному исповедоваться в грехах своих: как искусный врач он умел подавать для всякой душевной болезни подобающее врачевание. Не смущался он пред лицом сильных, не презирал бедных, для гордых был не особенно доступен, а к смиренным всегда приветлив и милостив.