Преподобный Мартирий Зеленецкий, в миру Мина, происходил из города Великие Луки. Родители его, Косма и Стефанида, умерли, когда ему не было еще десяти лет. Воспитывал его духовный отец, священник городского Благовещенского храма, и мальчик все более и более прилеплялся душой к Богу.

Овдовев, его наставник принял иночество с именем Боголеп в Великолукском Троице-Сергиевом монастыре. Мина часто посещал его в обители, а затем и сам принял там постриг с именем Мартирий. Семь лет неослабно трудились Господу учитель и ученик в одной келлии, соревнуя друг другу в подвигах труда и молитвы. Инок Мартирий нес послушания келаря, казначея и пономаря.

В это время Матерь Божия впервые проявила Свое особое попечение о преподобном Мартирий. В полдень он задремал на колокольне и увидел на огненном столпе образ Пресвятой Богородицы Одигитрии. Инок с трепетом приложился к нему, горячему от столпа огненного, и проснувшись, еще ощущал этот жар на своем челе.

По духовному совету преподобного Мартирия тяжело больной инок Аврамий ходил на поклонение чудотворной Тихвинской иконе Божией Матери и получил исцеление. Преподобный проникся горячей верой в заступление Богоматери. Он стал молить Царицу Небесную, чтобы Она указала, куда ему укрыться для прохождения подвига совершенного безмолвия, к которому стремилась его душа. Преподобный тайно удалился в пустынное место за 60 верст от Великих Лук. Как пишет сам преподобный в своих записках, "в той пустыни принял я великие страхования от бесов, но я молился Богу, и бесы были посрамлены". В письме к старцу Боголепу преподобный просил благословения на пустынножительство, но духовник посоветовал Мартирию вернуться в общежитие, где он был полезен братии. Не дерзая ослушаться и не зная, как поступить, святой Мартирий отправился в Смоленск на поклонение чудотворной иконе Божией Матери Одигитрии и чудотворцу Авраамию (память 21 августа). В Смоленске святому явились в сонном видении преподобные Авраамий и Ефрем и успокоили его возвещением, что ему Господом назначено жить в пустыне, "где Бог благословит и Пресвятая Богородица наставит".

Жестоко, многоболезненно было житие преподобного в этой пустыни, но ни холод, ни лишения, ни дикие звери, ни козни врага не смогли поколебать его решимости претерпеть испытания до конца. Он поставил часовенку в прославление и благодарение Господа и Пречистой Богородицы, в которой вновь удостоился увидеть во сне образ Богоматери, на этот раз - плывущий по морю. Справа от иконы явился Архангел Гавриил и пригласил инока приложиться к образу. После колебаний преподобный Мартирий вступил в воду, но образ стал погружаться в море. Тогда преподобный взмолился, и его тотчас волна перенесла с образом на берег.

Пустыня освятилась жизнью отшельника, и в нее стали приходить многие, не только, чтобы назидаться словом и примером преподобного, но и для водворения вместе с ним. Умножившееся братство учеников побудило преподобного построить церковь во Имя Живоначальной Троицы, куда он поставил и свои моленные иконы. Во свидетельство благодати Божией, почившей на обители преподобного Мартирия, инок Гурий сподобился видеть над церковным крестом сиявший на небе Крест.

Так было положено начало Троицкому Зеленецкому монастыря - "Зеленой Мартириевой пустыни". Господь благословлял труды преподобного, и благодать Божия видимо воссияла на нем самом. Далеко распространилась слава о его прозорливости и даре исцелений. Многие именитые новгородцы стали посылать приношения в обитель. На средства благочестивого боярина Федора Сыркова была построена теплая церковь, освященная в честь Благовещения Пресвятой Богородицы в память о той, первой церкви в Великих Луках, откуда он мальчиком начал свой путь к Богу.

От Пречистой Богородицы преподобный продолжал получать благодатные подкрепления. Однажды в тонком сне Матерь Божия Сама явилась ему в келлии, на лавке, в большом углу, где стояли иконы. "Я глядел, не отрываясь, на Ее святой лик, на очи, исполненные слез, готовых капнуть на пречистое лицо Ее. Встал я ото сна и был в ужасе. Зажег свечу от лампады, чтобы посмотреть, не сидит ли Пречистая Дева на месте, где я видел Ее во сне. Подошел я к образу Одигитрии и убедился, что воистину явилась мне Богородица в том образе, как изображена Она на иконе моей", - вспоминал преподобный.

Вскоре после этого (около 1570 года) преподобный Мартирий принял в Новгороде от архиепископа (Александра или Леонида) священство. Известно, что в 1582 году он был уже игуменом.

Позже Господь даровал Зеленой пустыни еще более богатого благотворителя. В 1595 году в Твери святой Мартирий исцелил умирающего сына бывшего Касимовского царя Симеона Бекбулаговича, помолившись пред своими иконами Живоначальной Троицы и Тихвинской Божией Матери и возложив образ Пресвятой Богородицы на грудь больному. На пожертвования благодарного Симеона были построены церкви в честь Тихвинской иконы Божией Матери и святителя Иоанна Златоуста - Небесного покровителя исцеленного царевича Иоанна.

В 1595 году царь Феодор Иоаннович дал монастырю жалованную грамоту, утвердив основанный преподобным монастырь.

Достигнув глубокой старости и приготовляясь к смерти, преподобный Мартирий ископал себе могилу, поставил в ней своими руками сделанный гроб, и много плакал там. Почувствовав близкое отшествие, преподобный созвал братию и умолял своих чад о Господе иметь непоколебимую надежду на Пресвятую Живоначальную Троицу и всецело возложить упование на Матерь Божию, как и он всегда уповал на Нее. Приобщившись Святых Христовых Таин, он дал братии благословение и со словами: "Мир всем православным", - в духовном веселии почил о Господе 1 марта 1603 года.

Преподобный был погребен в ископанной им самим могиле близ церкви Богоматери, а затем его святые мощи покоились под спудом в церкви Пресвятой Троицы, под подвальным храмом в честь святого Иоанна Богослова. Бывший инок Зеленецкого монастыря, митрополит Казанский и Новгородский Корнилий (+ 1698), составил службу и написал житие преподобного Мартирия, использовав личные записки и завещание преподобного.