Кронштадтского Пастыря высоко ценил Император Александр III и его сын Император Николай II. Об этом свидетельствует участие отца Иоанна, по Высочайшей воле, в Богослужениях и Таинствах, связанных с важнейшими событиями Православной Империи и Царской Семьи: при последних минутах жизни, отпевании и погребении Императора Александра III, при совершении Бракосочетания Царственных Мучеников, Короновании и Помазании их на Царство, Крещении их первородной дочери и Наследника Цесаревича.

Почитание отца Иоанна Царской Семьей было неизменным до самой его кончины. В 1907 году св.
прав. Иоанн Кронштадтский был назначен членом Св. Синода. В том же году, в день тезоименитства, среди прочих, Император получил следующую телеграмму из Кронштадта: «Сегодня в Кронштадтском Андреевском соборе служением двух архиереев, множества духовенства, при великом стечении верующих, вознесены нами молитвы о Державе, победе, пребывании в мире, здравии и спасении Твоем, возлюбленный наш Самодержец и венчанный Вождь России; приносим поздравления наши Тебе со днем Тезоименитства. Победой Тезоименитой Ты разрушишь все козни вражия. Твои, Государь, верноподданные и богомольцы. Протоиерей Иоанн Сергиев. Гермоген, епископ Саратовский и Царицынский. Серафим, епископ Орловский и Севский. Протоиерей Иоанн Восторгов».

На следующий день из Царского Села пришла ответная телеграмма: «Сердечно благодарю вас, отец Иоанн, и прошу передать преосвященным Гермогену, епископу Саратовскому и Царицынскому, и Серафиму, епископу Орловскому и Севскому, и протоиерею Восторгову Мою душевную благодарность за молитвы и благопожелания. Надеюсь – будете иметь облегчение вашего недуга. НИКОЛАЙ».

Последний обмен телеграммами произошел осенью 1908 года. «Ваше Величество! Хотя и больной я, но, глубоко интересуясь сооружаемым по Вашему начинанию Морским Собором в Кронштадте, я с помощию людей побывал в нем, осмотрел его внутренность с возвышенности и удивился его красоте, размерам, архитектуре, смелости и высокому художественному вкусу архитектора и его помощника, и от души пожелал, как и всегда, Вашему Величеству благоденственного и долгоденственного Царствования вместе с Их Величествами Государынями Императрицами и Наследником Цесаревичем и дождаться благополучного окончания этого святого величественного дела и освящения его, столь же торжественного и радостного, как и бывшей закладки его. Ваш верноподданный, протоиерей Кронштадтского епархиального собора, Иоанн Сергиев».

Из Нового Петергофа пришел Царский ответ: «Благодарю Вас, батюшка Иоанн Ильич, за добрую память. Желаю Вам здоровия и сил, также дождаться радостного дня освящения Морского Собора. НИКОЛАЙ».

На всеподданнейшем докладе Обер-Прокурора Св. Синода о кончине Батюшки Император 21 декабря написал: «Со всеми почитавшими усопшего протоиерея отца Иоанна оплакиваю кончину его». От имени Их Императорских Величеств на гроб почившего были возложены венки.