После окончания гражданской войны в 1921 г. страну охватила небывалая разруха и голод, что было использовано большевиками для усиления гонений на Церковь, которые проводились под лозунгом "похода пролетариата на церковные ценности". Властям необходим был повод к расправе с остававшимся верным Святейшему Патриарху Тихону духовенством, а заодно и пополнение казны в ограбленной ими же стране за счет "поповских ценностей". В Петрограде изъятие ценностей началось в марте 1922 г. и сопровождалось волнениями народа, но острых столкновений не было, поскольку владыка предупредил власти: «Мы все отдадим сами», – и благословил паству добровольно передать ценности, не имеющие богослужебного употребления. Тогда были раскручены организаторы обновленческого раскола, обвинившие Петроградских иерархов в сопротивлении изъятию церковных ценностей и в участии в контрреволюционном заговоре против советской власти.
Святителя Вениамина арестовали 1 июня 1922 г. без предъявления каких-либо определенных обвинений. Основанием к аресту послужила телеграмма из Москвы в Петроградский губотдел ГПУ: «Митрополита Вениамина арестовать и привлечь к суду. Подобрать на него обвинительный материал. Арестовать его ближайших помощников – реакционеров и сотрудников канцелярии... Менжинский».
Вместе с митрополитом Вениамином по делу "о контрреволюционной организации духовенства" было привлечено около 90 человек – видные церковные деятели, священники, миряне. Параллельно было возбуждено дело против православных братств. Это был разгром лучших сил Петроградского духовенства и православной интеллигенции.
Известный богоборец-большевик Красиков, представлявший наркомат юстиции, во всеуслышание откровенно заявлял о конечных задачах следствия и отношении властей к Православию: «Вся Православная Церковь - контрреволюционная организация! Собственно, следовало бы посадить в тюрьму всю Церковь!»
Исход разбирательства был предрешен, но владыка являл полнейшую невозмутимость. Последнее его слово, сказанное с глубочайшей искренностью, потрясло многих из неверующих людей: «Я не знаю, что вы мне объявите в вашем приговоре – жизнь или смерть, но что бы вы в нем ни провозгласили, я с одинаковым благоговением обращу свои очи гори, возложу на себя крестное знамение (при этом владыка широко перекрестился) и скажу: "Слава Тебе, Господи Боже, за все!"».
Большинство обвиняемых в итоге были приговорены к различным срокам тюремного заключения. Митрополит Вениамин и с ним еще трое сподвижников: архимандрит Сергий (Шеин), профессор Юрий Новицкий и юрист Иоанн Ковшаров были расстреляны в ночь с 12 на 13 августа 1922 г.