После кончины святителя Филиппа (23 декабря 1569 г.) тело его было погребено в Отроче монастыре, в Твери. Иноки Соловецкой обители, где он прежде был игуменом, в 1591 г. испросили позволение перенести его мощи в свой монастырь. Нетленное тело было положено в могилу, приготовленную еп. Филиппом для себя еще при жизни, под папертью храма прпп. Зосимы и Савватия Соловецких.
В 1652 г. будущий патриарх Никон, а тогда еще митр. Новгородский, предложил перенести в Москву мощи трех святителей-мучеников: митр. Филиппа, Патриархов Иова и Гермогена. И вот 3 июля в Москве торжественно встречали мощи свт. Филиппа: "пастырь, невинно изгнанный, был возвращен на свой престол". В Успенском соборе "на самой средине стоял он 10 дней".
На месте встречи мощей святителя Филиппа московским духовенством и народом был воздвигнут крест, от которого получила свое название Крестовская застава (у Рижского вокзала в Москве); а знаменитым М.Ф. Казаковым построен храм в честь
свт. Филиппа, митр. Московского.