Место своего жилища в Свирском монастыре прп. Александр определил под кладбище и сам назначил себе там могилку. 1641 г. были обретены нетленные мощи преподобного – они мироточили и благоухали. Мощи положили в серебряную позолоченную раку в церкви Спаса Преображения, где они и почивало 1918 г., подавая множество исцелений всем, к ним верою притекающим". Дальнейшая судьба св. мощей столь необычна, что стоит подробного повествования.
С падением царской власти в России началась страшная смута. Мощи прп. Александра Свирского были первыми в пнечальной цепи поруганных большевиками святынь. Неслучайно после захвата власти на Севере (5 января 1918 г.) безбожники на следующий день (6 января) были у мощей преподобного. Для верующего человека очевидно, что антихристовым планам «извергов рода человеческого» мешала Божья сила, являемая в нетленных мощах – они ненавидели святыни и стремились их сокрушить. Шесть (!) раз большевики подходили к св. мощам и не могли вынести святыню – видно сковывал их страх перед ней, трудно было вершителям зла переступить через него, ибо как сказал апостол: и бесы веруют и трепещут (Иак. 2, 19).
Как сообщала советская пропаганда, 22 октября 1918 г. при приеме "на учет" (т.е. конфискации) имущества Александро-Свирского монастыря "в литой раке, весящей более 20-ти пудов серебра, вместо нетленных мощей Александра Свирского была обнаружена восковая кукла". Настоятель монастыря, архимандрит Евгений, который присутствовал во время вскрытия раки, мужественно свидетельствовал против официальной версии властей, утверждая, что в раке находятся подлинные останки святого. Это стоило о. Евгению жизни – через несколько дней он был расстрелян большевиками. Мученическую кончину приняла и братия монастыря.
С шестого только раза смогли вывезти мощи: они были изъяты из монастыря 21 декабря 1918 г. Судьба мощей находилась под пристальным наблюдением самого Зиновьева; с его подачи была создана специальная комиссия, которая и установила, что мощи – это не "восковая кукла" и не "скелет в тапочках", а подлинная нетленная святая плоть. Тогда большевики начали кампанию по сокрытию мощей преподобного и тайно отправили их в Военно-медицинскую академию Санкт-Петербурга. Здесь под биркой "безымянного экспоната", незарегистрированного в скрупулезно составляемых каталогах анатомического музея, мощи сохранились до 1997 г.
19 августа 1997 г. произошла официальная передача монашеской братии Александро-Свирской обители. Сразу начался и поиск мощей прп. Александра Свирского, с твердою верой в то, что мощи святого, лицезревшего Святую Троицу, не могли быть уничтожены никакими адскими силами, и что они находятся под особым покровительством Господа. Эта вера привела к тому, что 30 июля 1998 г. православная Россия вновь обрела одну из своих величайших святынь, что было воспринято как великая милость Божия к русскому народу и залог воскресения России.
Историко-архивные и судебно-медицинские исследования, завершившиеся в Санкт-Петербурге, установили, что находившиеся с 1919 г. в анатомическом музее Военно-медицинской академии "мумифицированные останки неизвестного человека" принадлежат основателю Александро-Свирского монастыря. Останки идентифицированы специалистами Судебно-медицинской экспертной службы Санкт-Петербурга, при этом отмечено, что "естественная мумификация такой высокой сохранности современной науке необъяснима".
Сразу после получения заключения в рентгенологическом Кабинете был отслужен молебен святому. Присутствовавшие «стали свидетелями начавшегося мироточения мощей, сопровождавшегося сильным благоуханием». Преподобный как будто отвечал обращавшимся к нему с молитвой: «Я вас слышу. Это – я!» И "услышав" святого начальник академии генерал-полковник медицинской службы Юрий Шевченко принял решение о немедленной передаче св. мощей Русской Православной Церкви.
Вернувшаяся святыня уникальна: тело прп. Александра полностью неистлевшее (!), что случается чрезвычайно редко. А возможно это и единственный случай, когда не тронуты тлением даже те части лица, которые у обычных людей подвергаются тлению в первую очередь – мягкие ткани губ, носа и ушей. Это позволило исследователям сделать вывод: «выявлено было сходство лица исследуемого с ранними иконографическими изображениями прп. Александра». И еще неоднократно подчеркнуто антропологом, что «сохранилась не только прижизненная моделировка, но и кожа лица – не сморщенно-высохшая, а весьма гладкая и эластичная; цвет кожи светлый, с желтовато-янтарным оттенком»...
И вновь, как встарь, происходят многочисленные случаи чудесной помощи преподобного всем, обращающимся к нему с молитвой, что снова и снова убеждает нас в том, что обретенная святыня – посланная нам милость Божия и благословение.