Митрополит Таллинский и всея Эстонии Корнилий (Якобс) в предложении митрополита Эстонского Стефана (Константинопольская Православная Церковь) объединить две Церкви в Эстонии (в юрисдикции Московского и Константинопольского Патриархатов соответственно) усматривает стремление Фанара присвоить себе приходы Московского Патриархата.

Заявление митрополита Эстонского Стефана ранее также было обнародовано и в нем митрополит Константинопольского Патриархата предложил объединить две существующие в Эстонии Православные Церкви, разумеется, передав объединенную структуру в юрисдикцию Патриархата Константинопольского.

Реакция митрополита Таллинского и всея Эстонии Корнилия была незамедлительной. Среди прочего архиерей Московского Патриархата сказал, что "Эстонская церковь Московского Патриархата не намерена присоединиться к Эстонской Церкви Вселенского Патриархата".

"У нас нет ничего, что следовало бы обсуждать! Мы не имеем ничего общего с Константинополем, потому что наша Церковь живет в Эстонии", — сказал митрополит Корнилий.

Также митрополит Таллиннский и всея Эстонии, комментируя предложение митрополита Стефана, подчеркнул, что за предложенным им планом скрывается попытка политического давления со стороны Константинополя.

Московский Патриархат считает Эстонию своей канонической территорией. Поставление митрополита Стефана (Хараламбидиса) на Эстонскую кафедру в 1999 г. было квалифицировано в Русской Православной Церкви как попытка внесения раскола в Православие в Эстонии.